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- PDB-6zxq: Adenylosuccinate Synthetase from H. pylori in complex with HDA, G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zxq
タイトルAdenylosuccinate Synthetase from H. pylori in complex with HDA, GDP, IMO, Mg
要素Adenylosuccinate synthetase
キーワードLIGASE / Complex / Synthetase / N-C Ligase / Purine salvage pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylosuccinate Synthetase, subunit A; domain 2 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 2 / Adenylosuccinate synthase, active site / Adenylosuccinate synthetase active site. / Adenylosuccinate synthase, GTP-binding site / Adenylosuccinate synthetase, domain 2 / Adenylosuccinate synthetase, domain 3 / Adenylosuccinate synthetase GTP-binding site. / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase, domain 1 ...Adenylosuccinate Synthetase, subunit A; domain 2 / Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 2 / Adenylosuccinate synthase, active site / Adenylosuccinate synthetase active site. / Adenylosuccinate synthase, GTP-binding site / Adenylosuccinate synthetase, domain 2 / Adenylosuccinate synthetase, domain 3 / Adenylosuccinate synthetase GTP-binding site. / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase, domain 1 / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / HADACIDIN / 6-O-PHOSPHORYL INOSINE MONOPHOSPHATE / Adenylosuccinate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Bubic, A. / Stefanic, Z.
資金援助 クロアチア, 1件
組織認可番号国
Croatian Science Foundation クロアチア
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: The pursuit of new alternative ways to eradicate Helicobacter pylori continues: Detailed characterization of interactions in the adenylosuccinate synthetase active site
著者: Bubic, A. / Narczyk, M. / Petek, A. / Wojtys, M.I. / Maksymiuk, W. / Wielgus-Kutrowska, B. / Winiewska-Szajewska, M. / Pavkov-Keller, T. / Bertosa, B. / Stefanic, Z. / Luic, M. / Bzowska, A. / Lescic Asler, I.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8965
ポリマ－46,8811
非ポリマー1,0154
水8,179454
1
A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,79110
ポリマ－93,7622
非ポリマー2,0308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8760 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area29290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.706, 68.362, 68.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-943-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenylosuccinate synthetase / AdSS / IMP--aspartate ligase


分子量: 46880.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
遺伝子: purA, HP_0255 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL-21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P56137, adenylosuccinate synthase

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非ポリマー , 5種, 458分子

#2: 化合物 ChemComp-HDA / HADACIDIN / ハダシジン


分子量: 119.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗がん剤, 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-IMO / 6-O-PHOSPHORYL INOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 428.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Ammonium sulfate, Tris , PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033195 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→48.46 Å / Num. obs: 93653 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.58 % / Biso Wilson estimate: 23.066 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 8.09 / Num. measured all: 616201
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.4-1.486.5261.3941.29565815271146590.3921.51396
1.48-1.586.3590.9981.848991614395141390.5231.08898.2
1.58-1.716.530.6593.268603313363131760.8370.71898.6
1.71-1.876.4760.3536.097940112369122600.9530.38499.1
1.87-2.096.8310.2199.577577611182110930.980.23799.2
2.09-2.426.5520.13113.1864563990498540.9880.14299.5
2.42-2.967.0170.0917.1258400834683230.9940.09899.7
2.96-4.186.6170.07420.842966652564930.9940.08199.5
4.18-48.466.4250.08122.623488369636560.990.08898.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.17精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3r7t

3r7t


解像度: 1.4→48.46 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1927 2098 2.24 %
Rwork0.1512 91470 -
obs0.1521 93568 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.75 Å2 / Biso mean: 26.3089 Å2 / Biso min: 11.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→48.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 0 64 454 3702
Biso mean--16.03 40.52 -
残基数----410
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.430.38881330.31155843597696
1.43-1.470.29491390.26446021616098
1.47-1.510.34651390.26856074621399
1.51-1.550.27421380.2466043618199
1.55-1.60.36051390.30126025616498
1.6-1.660.29321390.25256066620599
1.66-1.720.25951400.18676102624299
1.72-1.80.19651400.13716102624299
1.8-1.90.18281400.130761236263100
1.9-2.020.16471400.14526104624499
2.02-2.170.16821410.115861476288100
2.17-2.390.17351410.126961456286100
2.39-2.740.16681420.128761786320100
2.74-3.450.18271420.141862146356100
3.45-48.460.16411450.133762836428100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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