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- PDB-6zw1: X-ray structure of Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6) CD2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zw1
タイトルX-ray structure of Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6) CD2 in complex with an inhibitor SW101
要素Histone deacetylase 6
キーワードHYDROLASE / Histone deacetylase / deacetylation / inhibitor / Danio rerio
機能・相同性
機能・相同性情報


Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression / angiogenesis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-QRB / THIOCYANATE ION / Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Barinka, C. / Motlova, L. / Ustinova, K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Tetrahydroquinoline-Capped Histone Deacetylase 6 Inhibitor SW-101 Ameliorates Pathological Phenotypes in a Charcot-Marie-Tooth Type 2A Mouse Model.
著者: Shen, S. / Picci, C. / Ustinova, K. / Benoy, V. / Kutil, Z. / Zhang, G. / Tavares, M.T. / Pavlicek, J. / Zimprich, C.A. / Robers, M.B. / Van Den Bosch, L. / Barinka, C. / Langley, B. / Kozikowski, A.P.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6689
ポリマ－39,8991
非ポリマー7698
水7,440413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.933, 94.158, 51.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6


分子量: 39899.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F8W4B7

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非ポリマー , 6種, 421分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-QRB / 1-[[4-(oxidanylcarbamoyl)phenyl]methyl]-3,4-dihydro-2~{H}-quinoline-6-carboxamide


分子量: 325.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 21% PEG 3350 (Sigma-Aldrich), 0.2 M KSCN (Hampton research), 0.1 M Bis-Tris (Sigma-Aldrich) at pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→50 Å / Num. obs: 152836 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.78
反射 シェル解像度: 1.13→1.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 24308 / CC1/2: 0.744

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6R0K

6r0k


解像度: 1.13→47.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.397 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1586 2100 1.4 %RANDOM
Rwork0.1396 ---
obs0.1399 150734 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.84 Å2 / Biso mean: 12.785 Å2 / Biso min: 6.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.29 Å20 Å20 Å2
2--2.58 Å2-0 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.13→47.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2764 0 45 418 3227
Biso mean--15.31 27.82 -
残基数----354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193093
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7481.9434216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0552.9936641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4125400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74723.147143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43915509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7091524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.78135970
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.4825102
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.95356199
LS精密化 シェル解像度: 1.13→1.159 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 151 -
Rwork0.252 10837 -
obs--98.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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