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- PDB-6zul: Crystal structure of dimethylated RSL in complex with cucurbit[7]... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zul
タイトルCrystal structure of dimethylated RSL in complex with cucurbit[7]uril and zinc
要素Fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / cucurbituril / molecular glue / crystal engineering / dimethyllysine / zinc / b-propeller
機能・相同性Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / cucurbit[7]uril / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Guagnini, F. / Engilberge, S. / Flood, R.J. / Ramberg, K.O. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 3件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
Science Foundation Ireland12/RC/2275_P2 アイルランド
Irish Research CouncilGOIPD/2019/513 アイルランド
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2020
タイトル: Metal-Mediated Protein-Cucurbituril Crystalline Architectures
著者: Guagnini, F. / Engilberge, S. / Flood, R.J. / Ramberg, K.O. / Crowley, P.B.
履歴
登録2020年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein
C: Fucose-binding lectin protein
D: Fucose-binding lectin protein
E: Fucose-binding lectin protein
F: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,36230
ポリマ－59,0576
非ポリマー8,30624
水10,701594
1
A: Fucose-binding lectin protein
C: Fucose-binding lectin protein
E: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,74716
ポリマ－29,5283
非ポリマー4,21813
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
2
B: Fucose-binding lectin protein
D: Fucose-binding lectin protein
F: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,61614
ポリマ－29,5283
非ポリマー4,08711
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area13170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.358, 50.356, 71.513
Angle α, β, γ (deg.)84.170, 82.460, 60.040
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 2 through 89)
21(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...
31(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...
41(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...
51(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...
61(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 2 through 89)A2 - 89
211(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B2 - 82
221(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B83
231(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B1 - 301
241(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B1 - 301
251(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B1 - 301
261(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B1 - 301
271(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B1 - 301
281(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B1 - 301
291(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B1 - 301
2101(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B1 - 301
2111(chain B and (resid 2 through 82 or (resid 83...B1 - 301
311(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...C2 - 82
321(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...C83
331(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...C1 - 301
341(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...C1 - 301
351(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...C1 - 301
361(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...C1 - 301
371(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...C1 - 301
381(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...C1 - 301
391(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...C1 - 301
3101(chain C and (resid 2 through 82 or (resid 83...C1 - 301
411(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D2 - 82
421(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D83
431(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D1 - 401
441(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D1 - 401
451(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D1 - 401
461(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D1 - 401
471(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D1 - 401
481(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D1 - 401
491(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D1 - 401
4101(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D1 - 401
4111(chain D and (resid 2 through 82 or (resid 83...D1 - 401
511(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E2 - 82
521(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E83
531(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E1 - 301
541(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E1 - 301
551(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E1 - 301
561(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E1 - 301
571(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E1 - 301
581(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E1 - 301
591(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E1 - 301
5101(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E1 - 301
5111(chain E and (resid 2 through 82 or (resid 83...E1 - 301
611(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F2 - 82
621(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F83
631(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F1 - 301
641(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F1 - 301
651(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F1 - 301
661(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F1 - 301
671(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F1 - 301
681(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F1 - 301
691(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F1 - 301
6101(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F1 - 301
6111(chain F and (resid 2 through 82 or (resid 83...F1 - 301

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 9842.753 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: E7Z57_08365, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1

-
非ポリマー , 5種, 618分子

#2: 化合物
ChemComp-QQ7 / cucurbit[7]uril


分子量: 1162.962 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H42N28O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 % / 解説: hexagonal plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M BIS-TRIS pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.617→43.437 Å / Num. obs: 73881 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.617→1.645 Å / Rmerge(I) obs: 0.406 / Num. unique obs: 3534 / CC1/2: 0.906 / Rpim(I) all: 0.271 / Rrim(I) all: 0.491

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F7W polyalanine

6f7w


解像度: 1.62→43.437 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 3696 5 %
Rwork0.1741 70170 -
obs0.1758 73866 95.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 65.16 Å2 / Biso mean: 15.6035 Å2 / Biso min: 2.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→43.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4161 0 930 599 5690
Biso mean--15.87 27.44 -
残基数----539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9257046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0151059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7292877
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2264X-RAY DIFFRACTION11.403TORSIONAL
12B2264X-RAY DIFFRACTION11.403TORSIONAL
13C2264X-RAY DIFFRACTION11.403TORSIONAL
14D2264X-RAY DIFFRACTION11.403TORSIONAL
15E2264X-RAY DIFFRACTION11.403TORSIONAL
16F2264X-RAY DIFFRACTION11.403TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.62-1.63830.45081300.3552259793
1.6383-1.66070.37131620.335258093
1.6607-1.68450.35451480.2882263893
1.6845-1.70960.30531480.2846262594
1.7096-1.73630.36321490.2949265393
1.7363-1.76480.32971630.2988254494
1.7648-1.79520.28161600.2412268094
1.7952-1.82790.22091380.1863261994
1.8279-1.8630.22791480.1702273496
1.863-1.9010.20121420.1569265696
1.901-1.94240.21511240.1599277496
1.9424-1.98760.20271320.1619270396
1.9876-2.03730.19861340.1559271497
2.0373-2.09230.20151650.1636272797
2.0923-2.15390.21531590.1691268397
2.1539-2.22340.20141510.1676271496
2.2234-2.30290.19361370.1634275696
2.3029-2.39510.19451070.1674278398
2.3951-2.50410.18731090.1632277197
2.5041-2.63610.21691370.1744273698
2.6361-2.80120.20561620.1622273197
2.8012-3.01750.2131530.164268597
3.0175-3.3210.16651580.1431272197
3.321-3.80130.19961140.1502280798
3.8013-4.78830.14271690.1399274799
4.7883-43.4370.1794970.1653279297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.3195 Å / Origin y: 18.0442 Å / Origin z: 14.5615 Å
111213212223313233
T0.0272 Å2-0.0018 Å20.0016 Å2-0.0309 Å20.0009 Å2--0.0329 Å2
L0.0633 °2-0.0148 °2-0.0025 °2-0.093 °20.0258 °2--0.0434 °2
S0.0118 Å °-0.0099 Å °-0.0062 Å °0.0086 Å °0.02 Å °0.0037 Å °0.0006 Å °0.0034 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 401
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 301
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 301
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 401
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 301
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 301
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 2
8X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 3
9X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 621

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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