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- PDB-6zuk: Crystal structure of dimethylated RSL-N23H/G68H (RSL-B6) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zuk
タイトルCrystal structure of dimethylated RSL-N23H/G68H (RSL-B6) in complex with cucurbit[7]uril and zinc
要素Fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / cucurbituril / molecular glue / crystal engineering / dimethyllysine / zinc / b-propeller
機能・相同性Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / cucurbit[7]uril / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Guagnini, F. / Engilberge, S. / Flood, R.J. / Ramberg, K.O. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 3件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
Science Foundation Ireland12/RC/2275_P2 アイルランド
Irish Research CouncilGOIPD/2019/513 アイルランド
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2020
タイトル: Metal-Mediated Protein-Cucurbituril Crystalline Architectures
著者: Guagnini, F. / Engilberge, S. / Flood, R.J. / Ramberg, K.O. / Crowley, P.B.
履歴
登録2020年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein
C: Fucose-binding lectin protein
D: Fucose-binding lectin protein
E: Fucose-binding lectin protein
F: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,46928
ポリマ－58,3186
非ポリマー7,15122
水5,459303
1
A: Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein
C: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,55118
ポリマ－29,1593
非ポリマー4,39115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
2
D: Fucose-binding lectin protein
E: Fucose-binding lectin protein
F: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,91910
ポリマ－29,1593
非ポリマー2,7607
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.482, 50.631, 74.807
Angle α, β, γ (deg.)71.120, 83.150, 60.130
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 9719.712 Da / 分子数: 6 / 変異: N23H, H60S, T67N, G68H, T69G, T70K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: E7Z57_08365, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1

-
非ポリマー , 5種, 325分子

#2: 化合物
ChemComp-QQ7 / cucurbit[7]uril


分子量: 1162.962 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C42H42N28O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3% PEG 8000, 0.1 M BIS-TRIS-HCl pH 7.0, 0.1 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.028→43.72 Å / Num. obs: 38198 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.03-2.143.70.4632039755160.8760.280.5422.496.9
6.41-43.723.60.07445212200.9880.0440.08315.198.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.03 Å43.72 Å
Translation2.03 Å43.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (29-NOV-2019)精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F7W polyalanine

6f7w


解像度: 2.03→43.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.227 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.185
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 1741 4.56 %RANDOM
Rwork0.2195 ---
obs0.2212 38179 97.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 104.71 Å2 / Biso mean: 37.19 Å2 / Biso min: 8.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3016 Å20.9323 Å20.2286 Å2
2---3.0709 Å2-1.7937 Å2
3---2.7693 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→43.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4104 0 3237 303 7644
Biso mean--37.5 38.26 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1681SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes981HARMONIC24
X-RAY DIFFRACTIONt_it4808HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion555SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3499SEMIHARMONIC24
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5098HARMONIC240.004
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7488HARMONIC240.49
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.79
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2893 32 4.19 %
Rwork0.2099 732 -
all0.2133 764 -
obs--96.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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