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- PDB-6zui: Crystal structure of the Cys-Ser mutant of the cpYFP-based biosen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zui
タイトルCrystal structure of the Cys-Ser mutant of the cpYFP-based biosensor for hypochlorous acid
要素HTH-type transcriptional repressor NemR,Green fluorescent protein,Green fluorescent protein,HTH-type transcriptional repressor NemR
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / biosensor / hypohalous acid / cpYFP / yellow fluorescent protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related ...Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Homeobox-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / HTH-type transcriptional repressor NemR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.20008218184 Å
データ登録者Tossounian, M.A. / Van Molle, I. / Messens, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Hypocrates is a genetically encoded fluorescent biosensor for (pseudo)hypohalous acids and their derivatives.
著者: Kostyuk, A.I. / Tossounian, M.A. / Panova, A.S. / Thauvin, M. / Raevskii, R.I. / Ezerina, D. / Wahni, K. / Van Molle, I. / Sergeeva, A.D. / Vertommen, D. / Gorokhovatsky, A.Y. / Baranov, M.S. ...著者: Kostyuk, A.I. / Tossounian, M.A. / Panova, A.S. / Thauvin, M. / Raevskii, R.I. / Ezerina, D. / Wahni, K. / Van Molle, I. / Sergeeva, A.D. / Vertommen, D. / Gorokhovatsky, A.Y. / Baranov, M.S. / Vriz, S. / Messens, J. / Bilan, D.S. / Belousov, V.V.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Monitoring oxidative inflammatory processes in live cells and tissue with Hypocrates, a genetically encoded biosensor for hypochlorite
著者: Kostyuk, A.I. / Tossounian, M.A. / Panova, A.S. / Thauvin, M. / Wahni, K. / Van Molle, I. / Raevskii, R.I. / Baranov, M.S. / Vriz, S. / Messens, J. / Bilan, D.S. / Belousov, V.V.
履歴
登録2020年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor NemR,Green fluorescent protein,Green fluorescent protein,HTH-type transcriptional repressor NemR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6331
ポリマ－49,6331
非ポリマー00
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.232, 95.437, 106.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-662-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional repressor NemR,Green fluorescent protein,Green fluorescent protein,HTH-type transcriptional repressor NemR / Bleach-sensing transcription factor / Redox-regulated transcription factor NemR


分子量: 49632.641 Da / 分子数: 1 / 変異: C353S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein contains a chromophore (CR2 = Gly-Tyr-Gly) within the cpYFP domain.,The protein contains a chromophore (CR2 = Gly-Tyr-Gly) within the cpYFP domain.,The protein contains a ...詳細: The protein contains a chromophore (CR2 = Gly-Tyr-Gly) within the cpYFP domain.,The protein contains a chromophore (CR2 = Gly-Tyr-Gly) within the cpYFP domain.,The protein contains a chromophore (CR2 = Gly-Tyr-Gly) within the cpYFP domain.,The protein contains a chromophore (CR2 = Gly-Tyr-Gly) within the cpYFP domain.
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
株: K12 / 遺伝子: nemR, ydhM, b1649, JW5874, GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67430, UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris (0.1 M, pH 8), CaCl2 (0.1 M), MgCl2 (0.1 M) and PE15/4 (15%) Protein concentration:7 mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980113 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980113 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09962866868→47.72 Å / Num. obs: 22368 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 34.3012936225 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Num. unique obs: 924 / CC1/2: 0.814

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YZE, 3O77

4yze

3o77


解像度: 2.20008218184→47.7185 Å / SU ML: 0.329732416594 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33787706633 / 位相誤差: 31.970318773
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272940666147 1136 5.10309509905 %
Rwork0.198501182278 21125 -
obs0.202233998777 22261 94.2025305742 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.4430328993 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.20008218184→47.7185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 0 185 3497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009922046689383386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.004436323574567
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0484754324563498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00446804816815594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.093895311882787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.30020.3906716047991270.2852762185712459X-RAY DIFFRACTION89.2955801105
2.3002-2.42150.3532036793621620.2588550026132670X-RAY DIFFRACTION97.0195272354
2.4215-2.57320.3254968747851210.234252644042708X-RAY DIFFRACTION97.0830473576
2.5732-2.77180.3035133966141680.2236230642422663X-RAY DIFFRACTION96.5552523874
2.7718-3.05070.3435651732591550.2315801458542652X-RAY DIFFRACTION95.6714383095
3.0507-3.49210.2769004848991090.2045416546382697X-RAY DIFFRACTION94.7972972973
3.4921-4.39920.2167695453361420.1662264370052643X-RAY DIFFRACTION93.6764211234
4.3992-47.71850.2336438289571520.1666264427572633X-RAY DIFFRACTION89.8097387939

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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