PDB-6zti: Phospholipase PlaB from Legionella pneumophila in complex with th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zti

タイトル

Phospholipase PlaB from Legionella pneumophila in complex with thio-NAD

要素

PlaB phospholipase

キーワード

HYDROLASE / phospholipase / alpha/beta hydrolase / virulence / infectious disease

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold / THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PlaB phospholipase

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Diwo, M.G. / Flieger, A. / Blankenfeldt, W.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: NAD(H)-mediated tetramerization controls the activity of Legionella pneumophila phospholipase PlaB.
著者: Diwo, M. / Michel, W. / Aurass, P. / Kuhle-Keindorf, K. / Pippel, J. / Krausze, J. / Wamp, S. / Lang, C. / Blankenfeldt, W. / Flieger, A.

履歴

登録	2020年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6zti.ent.gz	935.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6zti_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	6zti_validation.xml.gz	82 KB	表示
CIF形式データ	6zti_validation.cif.gz	123.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6zti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6zti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zthC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zth-d 2zm3-d 4rkm-4 4lkv-d 3163 6vl5-d 4zmj-1 3qxe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PlaB phospholipase

B: PlaB phospholipase

C: PlaB phospholipase

D: PlaB phospholipase

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.831, 90.725, 92.790
Angle α, β, γ (deg.)	78.440, 90.260, 75.410
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	PlaB phospholipase 分子量: 55386.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: plaB, NCTC12000_01733 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A378K488
#2: 化合物	ChemComp-SND / THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 679.491 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₃P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 8.33% glycerol, 10.8% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.21233 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.21233 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→46.91 Å / Num. obs: 161898 / % possible obs: 76 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.39 / R_pim(I) all: 0.11 / R_rim(I) all: 0.41 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.81→1.95 Å / R_merge(I) obs: 2.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8096 / CC_1/2: 0.53 / R_pim(I) all: 0.82 / R_rim(I) all: 2.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_3922	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
STARANISO		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: xxxx

解像度: 1.81→46.91 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	8002	4.95 %
R_work	0.1856	153733	-
obs	0.188	161735	75.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.17 Å² / B_iso mean: 23.4137 Å² / B_iso min: 3.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.81→46.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14808	0	619	1702	17129
B_iso mean	-	-	15.66	30.12	-
残基数	-	-	-	-	1861

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.81-1.83	0.2658	14	0.2382	149	163	2
1.83-1.85	0.2889	21	0.2343	339	360	5
1.85-1.88	0.297	45	0.2547	726	771	11
1.88-1.9	0.3352	87	0.2552	1391	1478	21
1.9-1.92	0.3147	105	0.2688	2075	2180	31
1.92-1.95	0.2702	139	0.2537	2741	2880	41
1.95-1.98	0.2859	177	0.2488	3436	3613	51
1.98-2.01	0.2896	211	0.2519	3943	4154	59
2.01-2.04	0.2883	238	0.2456	4378	4616	65
2.04-2.07	0.2841	253	0.246	4695	4948	69
2.07-2.11	0.2892	259	0.2333	5194	5453	76
2.11-2.15	0.2645	286	0.2159	5531	5817	83
2.15-2.19	0.2831	308	0.2022	6077	6385	90
2.19-2.23	0.2607	334	0.202	6465	6799	96
2.23-2.28	0.2899	390	0.2166	6478	6868	97
2.28-2.33	0.2626	292	0.1905	6629	6921	98
2.33-2.39	0.2346	334	0.1905	6664	6998	98
2.39-2.46	0.2428	325	0.1926	6651	6976	98
2.46-2.53	0.2464	336	0.1835	6617	6953	98
2.53-2.61	0.2432	360	0.1838	6638	6998	98
2.61-2.7	0.2154	310	0.1867	6677	6987	98
2.7-2.81	0.228	336	0.1749	6680	7016	99
2.81-2.94	0.2188	350	0.1666	6648	6998	99
2.94-3.1	0.2251	347	0.1751	6681	7028	99
3.1-3.29	0.2061	335	0.1625	6708	7043	99
3.29-3.54	0.2026	362	0.1549	6672	7034	99
3.54-3.9	0.2001	351	0.1539	6701	7052	99
3.9-4.46	0.208	364	0.148	6727	7091	100
4.46-5.62	0.1949	357	0.1583	6699	7056	100
5.62-46.91	0.234	376	0.227	6723	7099	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2146	0.3806	0.2161	1.6241	0.1271	0.6441	0.0851	-0.0598	-0.2606	0.0531	-0.0382	-0.0767	0.291	0.1997	0.053	0.1785	0.0822	-0.0428	0.1291	-0.0337	0.129	10.2969	-46.0565	6.684
2	0.6144	-0.0704	0.1385	0.9596	-0.026	0.6953	0.0259	0.0173	-0.0454	0.0098	0.0206	-0.0193	0.0725	0.0791	-0.0095	0.0306	0.0245	0.0015	0.0922	-0.0135	0.0442	3.3926	-29.9498	-6.4792
3	0.2407	0.4354	0.4864	0.7002	0.8195	1.3171	-0.0158	0.0179	0.0782	-0.134	-0.0396	0.0162	-0.2985	0.0139	0.0429	0.1144	-0.0065	0.0261	0.1233	-0.0109	0.1006	4.0587	-3.1787	-3.8803
4	1.7159	-0.329	-0.3212	1.6744	0.0225	1.2758	0.0574	0.1319	0.249	-0.0348	-0.028	-0.1003	-0.256	0.0981	0.0468	0.1457	-0.0526	0.0303	0.1109	0.0029	0.1133	10.4416	15.2473	24.0758
5	0.8303	0.0724	-0.116	0.8649	0.0091	0.6672	0.0347	0.013	0.0443	-0.0058	-0.0008	-0.0249	-0.0725	0.0208	-0.0193	0.0399	0.0012	-0.0136	0.0622	-0.0173	0.0364	3.4396	-1.2854	37.1249
6	0.1633	-0.3962	-0.4029	0.8835	0.8281	1.323	-0.0219	0.0251	-0.0294	0.1417	-0.0275	-0.0223	0.3054	0.0237	0.0308	0.1104	0.0061	-0.0212	0.1083	-0.0222	0.1105	3.956	-27.8906	34.5244
7	1.4767	0.1245	-0.4285	1.6001	-0.3087	0.9111	0.0883	-0.0242	0.2452	-0.0453	-0.099	0.0751	-0.3168	-0.0686	0.0234	0.1537	0.0802	0.0065	0.119	-0.0146	0.11	-38.7962	8.9107	-5.1469
8	0.661	-0.0433	-0.0535	0.9585	-0.1048	0.6753	0.0349	0.0076	0.0424	-0.0467	-0.0131	0.0154	-0.0554	-0.0644	-0.0188	0.0383	0.0094	-0.0104	0.0807	-0.0108	0.0391	-31.9885	-11.3981	-10.4166
9	0.0904	0.1442	-0.3201	0.3638	-0.3893	1.9634	0.0084	0.0277	-0.0724	-0.0219	-0.0274	0.05	0.3553	0.0234	-0.0024	0.1101	-0.0117	-0.0165	0.1054	-0.0015	0.1127	-32.3997	-34.7713	3.1856
10	1.6953	-0.2767	0.5822	1.3773	-0.2231	1.1846	0.0368	0.0013	-0.2314	0.0929	-0.0354	0.0676	0.2682	-0.1112	0.0097	0.1665	-0.0665	0.0035	0.1107	-0.006	0.1082	-38.9447	-39.9765	35.7442
11	0.9267	0.076	0.0265	1.0395	-0.0393	0.9515	0.0412	-0.0362	-0.0269	0.0607	-0.0047	0.0405	0.1023	-0.0805	-0.0259	0.045	-0.0234	0.0025	0.0788	-0.0079	0.0346	-33.2915	-22.4391	42.4097
12	0.5571	-0.3139	0.5411	0.8523	-0.5319	0.6021	0.0255	0.1091	0.0819	-0.0599	-0.0227	-0.0879	0.0422	-0.1101	0.0022	0.0535	-0.018	0.0252	0.1152	0.0113	0.0503	-26.3572	-3.0115	32.8713
13	0.1358	-0.2172	0.4315	0.2962	-0.5155	1.9754	0.0049	-0.0268	0.0222	0.033	0.0045	0.0124	-0.287	-0.0036	-0.0356	0.0995	0.0169	0.0071	0.093	-0.0018	0.0938	-32.6052	3.5913	27.8092

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 99 )	A	0 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 100 through 374 )	A	100 - 374
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 375 through 474 )	A	375 - 474
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 99 )	B	0 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 100 through 374 )	B	100 - 374
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 375 through 474 )	B	375 - 474
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 0 through 99 )	C	0 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 100 through 374 )	C	100 - 374
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 375 through 474 )	C	375 - 474
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 0 through 99 )	D	0 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 100 through 334 )	D	100 - 334
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 335 through 374 )	D	335 - 374
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 375 through 474 )	D	375 - 474

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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データ収集

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)