PDB-6zth: Phospholipase PlaB from Legionella pneumophila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zth

タイトル

Phospholipase PlaB from Legionella pneumophila

要素

PlaB phospholipase

キーワード

HYDROLASE / phospholipase / alpha/beta hydrolase / virulence / infectious disease

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold / nucleotide binding / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PlaB phospholipase

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Diwo, M.G. / Flieger, A. / Blankenfeldt, W.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: NAD(H)-mediated tetramerization controls the activity of Legionella pneumophila phospholipase PlaB.
著者: Diwo, M. / Michel, W. / Aurass, P. / Kuhle-Keindorf, K. / Pippel, J. / Krausze, J. / Wamp, S. / Lang, C. / Blankenfeldt, W. / Flieger, A.

履歴

登録	2020年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6zth_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zth_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6zth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6zth	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ztiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zti-d 4rkm-4 3pfr-d 1ec8-d 4lkv-d 4rkn-2 3n6h-d 4rkm-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PlaB phospholipase

B: PlaB phospholipase

C: PlaB phospholipase

D: PlaB phospholipase

ヘテロ分子

229 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.806, 170.578, 93.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.860, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PlaB phospholipase 分子量: 56043.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: plaB, NCTC12000_01733 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A378K488
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 77.8 mM NaSCN, 1.67% glycerol, 5.44% PEG400, 11.6% 2-propanol, 4.11% tacsimate , seeding required

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→49.24 Å / Num. obs: 104870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.243 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.263 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 728092 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.9 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.3-2.34	1.246	35630	5140	0.724	0.508	1.347	1.5	99.9
12.6-49.24	0.087	4502	657	0.997	0.036	0.094	16.8	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	dev_3922	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→49.24 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4127	5247	5.01 %
R_work	0.3638	99380	-
obs	0.3662	104627	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.3 Å² / B_iso mean: 40.2617 Å² / B_iso min: 2.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→49.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14903	0	560	543	16006
B_iso mean	-	-	34.06	25.89	-
残基数	-	-	-	-	1880

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.4089	163	0.3851	3269	3432	100
2.33-2.35	0.4302	187	0.3837	3290	3477	100
2.35-2.38	0.3837	182	0.3819	3308	3490	100
2.38-2.41	0.4382	177	0.3824	3280	3457	100
2.41-2.44	0.3694	186	0.3776	3337	3523	100
2.44-2.48	0.4139	166	0.3817	3281	3447	100
2.48-2.51	0.4149	170	0.3787	3335	3505	100
2.51-2.55	0.4724	173	0.3698	3290	3463	100
2.55-2.59	0.4072	177	0.3759	3329	3506	100
2.59-2.63	0.4377	173	0.3835	3308	3481	100
2.63-2.68	0.4462	175	0.376	3326	3501	100
2.68-2.73	0.4236	174	0.3748	3296	3470	100
2.73-2.78	0.5117	173	0.3907	3302	3475	100
2.78-2.84	0.4294	176	0.3685	3311	3487	100
2.84-2.9	0.4728	172	0.3714	3287	3459	99
2.9-2.97	0.4514	174	0.3688	3302	3476	100
2.97-3.04	0.4288	176	0.3783	3346	3522	100
3.04-3.12	0.4271	174	0.3627	3322	3496	100
3.12-3.21	0.4078	174	0.3624	3290	3464	100
3.21-3.32	0.4423	175	0.357	3333	3508	100
3.32-3.44	0.4069	175	0.3585	3324	3499	100
3.44-3.57	0.3969	173	0.3472	3308	3481	100
3.57-3.74	0.4015	177	0.3439	3331	3508	100
3.74-3.93	0.3676	172	0.3471	3280	3452	100
3.93-4.18	0.3824	175	0.3377	3325	3500	100
4.18-4.5	0.4122	177	0.3305	3359	3536	100
4.5-4.95	0.4029	174	0.3466	3320	3494	100
4.95-5.67	0.3833	175	0.3546	3319	3494	100
5.67-7.14	0.3637	175	0.39	3335	3510	100
7.14-49.24	0.421	177	0.4016	3337	3514	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5883	0.3378	0.1205	0.737	-0.2868	2.2642	-0.0387	0.4011	-0.1686	-0.078	-0.1438	-0.2315	0.1532	0.5511	0.0931	0.5424	0.2414	-0.0564	0.5112	-0.0499	0.3257	-37.1292	-9.8213	-14.8392
2	0.1778	-0.2262	-0.2742	0.6569	-0.6863	3.945	-0.0634	-0.0956	0.0767	-0.0461	0.053	-0.1572	-0.0812	0.2663	0.0741	0.2115	0.0519	-0.0734	0.4364	-0.0965	0.4243	-40.7269	0.9709	-16.8102
3	0.2092	0.2406	-0.4666	0.6646	-0.7044	2.275	0.0815	0.0574	-0.0484	-0.029	-0.0814	0.2171	-0.0771	-0.1023	-0.0669	0.3748	0.2217	0.0335	0.4873	-0.1046	0.385	-45.3039	2.4767	-28.5478
4	0.7856	-0.4816	-0.492	1.0477	0.3168	0.8421	0.0872	0.1434	-0.0073	-0.2414	-0.0946	-0.1241	-0.0639	-0.0282	0.0383	0.3744	0.2173	-0.0893	0.3844	-0.1438	0.4758	-0.8549	-47.0127	-52.2784
5	0.5676	-0.0891	0.1145	0.7214	0.2327	0.4412	0.1076	-0.0162	-0.0197	-0.1249	-0.0652	0.0252	0.1888	0.0505	0.0594	0.2862	0.2195	0.0015	0.3782	-0.1658	0.2921	-5.9039	-32.1616	-54.9633
6	0.2929	-0.1906	0.092	0.4771	0.1751	0.101	0.0521	0.3897	-0.1264	-0.145	0.0905	-0.0671	0.0654	0.0994	0.013	0.241	0.2402	0.0502	0.4675	-0.0977	0.2827	-5.6429	-24.6911	-65.8591
7	0.3557	0.0418	0.3669	1.3012	0.991	1.8879	-0.0757	0.0158	0.0821	-0.2223	-0.0894	0.0133	-0.4917	0.2506	-0.0366	0.2058	0.1554	0.0198	0.2962	-0.069	0.3044	-7.6028	-2.0987	-53.1113
8	0.7669	0.1475	0.206	0.0502	-0.0639	0.4103	-0.0569	0.1379	0.2702	-0.057	-0.0545	0.1097	-0.2405	0.0341	-0.4289	0.5719	0.2617	-0.0262	0.4402	-0.1895	0.2923	0.7845	9.9209	-22.3798
9	0.7162	0.4512	-0.4498	0.5322	-0.0194	0.8602	0.0577	0.1848	0.0765	0.1857	0.0015	-0.263	0.01	-0.2536	0.0354	0.3166	0.1268	0.0093	0.3746	-0.2168	0.3181	-7.1042	-8.078	-17.9537
10	0.5577	0.5938	-0.1162	0.8992	0.0601	0.821	0.0026	-0.1113	0.0625	0.012	-0.0847	0.1057	-0.1424	-0.1116	0.0055	0.414	0.1708	-0.0466	0.3101	-0.0865	0.252	-8.4186	-10.0642	-8.4179
11	0.4656	-0.1453	-0.1389	0.4554	0.8071	2.1982	-0.1031	0.0616	-0.0889	0.0739	-0.1075	0.0287	-0.031	-0.0531	0.116	0.4542	0.1762	0.0343	0.4056	-0.0767	0.4787	-5.4818	-36.8355	-29.1011
12	0.6142	-0.1247	-0.8351	1.843	0.251	1.1903	0.0143	0.0844	0.0022	-0.1086	0.0024	0.274	-0.4288	-0.2007	-0.1355	0.3188	0.2515	-0.042	0.5	-0.1368	0.4354	-48.6378	11.8602	-52.1045
13	0.7469	0.2761	0.1248	1.4226	-0.2471	0.2691	0.0401	0.2646	0.1044	-0.0594	0.0001	0.0851	-0.0569	-0.1777	-0.0562	0.3125	0.1537	-0.0068	0.3678	-0.0707	0.256	-42.7709	-2.4409	-62.2871
14	0.187	0.0434	0.011	0.3354	-0.3683	1.1197	0.0247	0.0724	0.0029	-0.0237	0.0089	-0.039	0.3517	-0.2015	0.0232	0.2195	0.1502	-0.0238	0.3832	-0.0872	0.3551	-40.8021	-29.6869	-54.0568
15	1.7205	0.0568	-0.8836	1.8153	-0.2571	2.0106	-0.1372	0.2158	-0.2468	0.0807	0.0018	0.0541	0.4144	-0.1456	0.1645	0.5042	0.2063	-0.0138	0.5345	-0.1377	0.3694	-50.0857	-43.6752	-22.6434
16	0.5962	0.426	0.0519	0.3578	0.1807	0.526	0.109	0.1449	-0.1439	-0.3081	-0.0331	0.0517	-0.1255	0.1233	0.0336	0.3048	0.2021	-0.0777	0.3588	-0.1084	0.3762	-37.8845	-30.0307	-18.5353
17	0.6486	0.3769	0.151	0.6964	0.0347	0.9529	0.1304	0.0583	-0.0529	0.0269	-0.1051	0.0196	0.1815	0.0487	-0.0169	0.4032	0.1368	0.022	0.2872	-0.0251	0.2511	-44.2947	-28.9097	-7.7664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 335 through 389 )	D	335 - 389
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 390 through 423 )	D	390 - 423
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 424 through 474 )	D	424 - 474
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid -2 through 74 )	A	-2 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 207 )	A	75 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 208 through 362 )	A	208 - 362
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 363 through 474 )	A	363 - 474
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 121 )	B	0 - 121
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 122 through 245 )	B	122 - 245
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 246 through 404 )	B	246 - 404
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 405 through 474 )	B	405 - 474
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 0 through 98 )	C	0 - 98
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 99 through 324 )	C	99 - 324
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 325 through 474 )	C	325 - 474
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid -2 through 113 )	D	-2 - 113
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 114 through 207 )	D	114 - 207
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 208 through 334 )	D	208 - 334

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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