[日本語] English
万見
- PDB-6zsp: Human serine racemase bound to ATP and malonate. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zsp
タイトルHuman serine racemase bound to ATP and malonate.
要素Serine racemase
キーワードISOMERASE / PLP-dependent / D-serine / ATP / forebrain
機能・相同性
機能・相同性情報


serine family amino acid metabolic process / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process ...serine family amino acid metabolic process / D-serine biosynthetic process / serine racemase / threonine racemase activity / serine racemase activity / D-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase / D-serine ammonia-lyase activity / L-serine ammonia-lyase activity / D-serine metabolic process / Serine metabolism / pyruvate biosynthetic process / L-serine metabolic process / glycine binding / PDZ domain binding / apical part of cell / pyridoxal phosphate binding / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / MALONATE ION / Serine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Koulouris, C.R. / Bax, B.D. / Roe, S.M. / Atack, J.R.
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Tyrosine 121 moves revealing a ligandable pocket that couples catalysis to ATP-binding in serine racemase.
著者: Koulouris, C.R. / Gardiner, S.E. / Harris, T.K. / Elvers, K.T. / Mark Roe, S. / Gillespie, J.A. / Ward, S.E. / Grubisha, O. / Nicholls, R.A. / Atack, J.R. / Bax, B.D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Tyrosine 121 moves revealing a druggable pocket that couples catalysis to ATP-binding in serine racemase
著者: Koulouris, C.R. / Gardiner, S.E. / Harris, T.K. / Elvers, K.T. / Roe, S.M. / Gillespie, J.A. / Ward, S.E. / Grubisha, O. / Nicholls, R.A. / Atack, J.R. / Bax, B.D.
履歴
登録2020年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年5月4日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_id_ISSN

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Serine racemase
BBB: Serine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,56619
ポリマ－75,6242
非ポリマー1,94117
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration markers indicated the molecular weight of the macromolecule was over 70 kDa thus suggesting the protein is dimeric.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.943, 81.191, 134.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Serine racemase / D-serine ammonia-lyase / D-serine dehydratase / L-serine ammonia-lyase / L-serine dehydratase


分子量: 37812.105 Da / 分子数: 2 / 変異: C2D, C6D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cofactor pyridoxal 5'-phosphate (PLP, LLP) is covalently bound to Lys56
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRR / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9GZT4, serine racemase, D-serine ammonia-lyase, L-serine ammonia-lyase

-
非ポリマー , 7種, 385分子

#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG 3350 230 mM sodium malonate 15 mM magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50.1 Å / Num. obs: 76688 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3151 / CC1/2: 0.512 / Rrim(I) all: 0.705 / % possible all: 81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
pointlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L6B

3l6b


解像度: 1.6→42.651 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.203 / WRfactor Rwork: 0.173 / SU B: 4.308 / SU ML: 0.082 / Average fsc free: 0.8878 / Average fsc work: 0.8966 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 3722 4.927 %
Rwork0.1923 71820 -
all0.194 --
obs-75542 96.017 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.499 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.556 Å20 Å20 Å2
2--0.546 Å20 Å2
3---0.009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.651 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4800 0 121 368 5289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0125635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.6347761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1135761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.03324.429219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41615931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2121517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.23035
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23726
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0080.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1520.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1630.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9921.6592867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6892.4773672
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1681.8152768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9272.6664084
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.2131.22824760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.4382150.3934368X-RAY DIFFRACTION80.0664
1.642-1.6870.3772510.3594944X-RAY DIFFRACTION92.1426
1.687-1.7350.332430.3314892X-RAY DIFFRACTION95.0222
1.735-1.7890.312620.2934807X-RAY DIFFRACTION95.7318
1.789-1.8470.2922500.2664734X-RAY DIFFRACTION96.7767
1.847-1.9120.2492450.2384582X-RAY DIFFRACTION97.1032
1.912-1.9840.2442460.2144460X-RAY DIFFRACTION97.8175
1.984-2.0650.2672170.2014285X-RAY DIFFRACTION97.467
2.065-2.1570.2072210.1824169X-RAY DIFFRACTION98.4305
2.157-2.2620.2141840.174003X-RAY DIFFRACTION98.2633
2.262-2.3840.2071940.1683783X-RAY DIFFRACTION98.1733
2.384-2.5280.1981920.1673603X-RAY DIFFRACTION98.8281
2.528-2.7020.2011710.1623432X-RAY DIFFRACTION98.5773
2.702-2.9180.2021750.1623152X-RAY DIFFRACTION99.0768
2.918-3.1950.1831570.1532962X-RAY DIFFRACTION99.2048
3.195-3.5710.2231490.1532655X-RAY DIFFRACTION98.4896
3.571-4.1190.1921180.1482393X-RAY DIFFRACTION99.2098
4.119-5.0370.1731150.1462043X-RAY DIFFRACTION99.3554
5.037-7.0870.187720.1851615X-RAY DIFFRACTION98.8284
7.087-42.650.196450.203939X-RAY DIFFRACTION94.9807
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67040.21090.33190.7329-0.12570.674-0.04290.00970.0811-0.0440.04040.1538-0.0254-0.00350.00250.01950.008-0.02140.03240.0240.06431.2024-6.2773-23.6448
20.48960.0071-0.07810.97360.09180.0663-0.01960.02090.0160.07880.0097-0.14580.0024-0.00870.00990.021-0.0072-0.02520.01050.00110.041920.9561-13.0423-14.5453
31.5651-0.0272-0.46110.75830.46660.5895-0.040.05220.02580.0090.0228-0.07240.07270.0330.01710.02190.01640.01630.0291-0.00450.049525.7124-52.7461-24.299
40.7125-0.3531-0.09260.59470.09450.1378-0.0689-0.011-0.0620.05110.01120.10220.01050.01260.05760.0231-0.00250.01610.0151-0.00050.03585.8097-46.3174-15.2475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA77 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA7 - 55
3X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA157 - 295
4X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA307 - 315
5X-RAY DIFFRACTION3ALLBBB77 - 150
6X-RAY DIFFRACTION4ALLBBB7 - 55
7X-RAY DIFFRACTION4ALLBBB157 - 295
8X-RAY DIFFRACTION4ALLBBB307 - 315

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る