PDB-6zs8: X-ray structure of the adduct formed upon treating lysozyme with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zs8

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon treating lysozyme with an aged solution of arsenoplatin-1

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / platinum / aresenic / bimetallin / protein binding / aggregation

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.153 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2021
タイトル: The first step of arsenoplatin-1 aggregation in solution unveiled by solving the crystal structure of its protein adduct.
著者: Ferraro, G. / Cirri, D. / Marzo, T. / Pratesi, A. / Messori, L. / Merlino, A.

履歴

登録	2020年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zs8.cif.gz	46 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zs8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zs8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/6zs8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/6zs8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j1aS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1b7m-d 1ix0-d 3kwi-1 1gfr-d 1gb0-d 1iww-d 2bql-d 6q10-d 5l83-1 6syd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.703, 78.703, 34.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 74分子

#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-A6R / arsenoplatin-1 分子量: 418.117 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈AsN₂O₄Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% ethylene glycol 0.1 M sodium acetate pH 4.0 0.6 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→55.65 Å / Num. obs: 6242 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.639 / Num. unique obs: 301 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4J1A

4j1a

解像度: 2.153→25.939 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 7.121 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.23 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	289	4.646 %
R_work	0.1847	5932	-
all	0.187	-	-
obs	-	6221	99.632 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.612 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.658 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.658 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.315 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.153→25.939 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	76	60	1137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	928
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.063	0.01	7
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.696	1.731	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.322	1.588	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.917	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.613	20.656	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.939	15	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.072	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.022	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.27	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.26	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.277	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.301	3.39	520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.302	3.387	519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.674	5.074	650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.672	5.077	651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.724	3.701	585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.722	3.702	586
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.249	5.449	862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.247	5.45	863
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.114	38.759	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.112	38.773	1389

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.153-2.209	0.406	31	0.212	417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.269	0.377	17	0.195	420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.269-2.335	0.375	27	0.221	398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.335-2.407	0.369	15	0.21	390	X-RAY DIFFRACTION	100
2.407-2.485	0.221	9	0.2	398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.485-2.572	0.306	23	0.187	352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.572-2.669	0.392	15	0.18	376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.669-2.778	0.201	18	0.173	341	X-RAY DIFFRACTION	99.7222
2.778-2.901	0.344	16	0.198	339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.901-3.042	0.22	13	0.172	323	X-RAY DIFFRACTION	100
3.042-3.206	0.194	16	0.178	304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.206-3.4	0.219	12	0.163	292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.634	0.212	18	0.166	274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.634-3.924	0.271	9	0.17	262	X-RAY DIFFRACTION	99.2674
3.924-4.296	0.13	9	0.149	247	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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