PDB-6zqq: Structure of the Pmt3-MIR domain with bound ligands

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zqq

タイトル

Structure of the Pmt3-MIR domain with bound ligands

要素

PMT3 isoform 1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / carbohydrate-binding module / MIR domain / protein-O-mannosylation / beta-trefoil

機能・相同性

機能・相同性情報

dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase Pmt5p-Pmt3p dimer complex / dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase Pmt1p-Pmt3p dimer complex / dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase / dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase activity / dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase Pmt1p-Pmt2p dimer complex / : / protein O-linked mannosylation / protein O-linked glycosylation / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wild, K. / Chiapparino, A. / Hackmann, Y. / Mortensen, S. / Sinning, I.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Functional implications of MIR domains in protein O -mannosylation.
著者: Chiapparino, A. / Grbavac, A. / Jonker, H.R. / Hackmann, Y. / Mortensen, S. / Zatorska, E. / Schott, A. / Stier, G. / Saxena, K. / Wild, K. / Schwalbe, H. / Strahl, S. / Sinning, I.

履歴

登録	2020年7月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6zqq.ent.gz	283.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6zqq_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zqq_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6zqq_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	6zqq_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zqq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zqpC 3malS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p91-d 5p92-d 5p9p-d 5qcg-1 5p9c-d 5qbv-1 5f4q-1 2r9o-2 5qce-2 4klb-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PMT3 isoform 1

B: PMT3 isoform 1

C: PMT3 isoform 1

D: PMT3 isoform 1

ヘテロ分子

97.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PMT3 isoform 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PMT3 isoform 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PMT3 isoform 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PMT3 isoform 1

登録者が定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.289, 64.306, 65.555
Angle α, β, γ (deg.)	107.900, 99.850, 99.720
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	PMT3 isoform 1 分子量: 24333.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PMT3, GI526_G0005657 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4I2, UniProt: P47190*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 6, 0.26 M calcium acetate and 15% (w/v) polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→52.933 Å / Num. obs: 61932 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.14
反射シェル	解像度: 1.9→1.99 Å / Num. unique obs: 5998 / CC_1/2: 0.825

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MAL

3mal

解像度: 1.9→52.933 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2195	3076	4.97 %
R_work	0.1742	58850	-
obs	0.1763	61926	95.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.87 Å² / B_iso mean: 40.9634 Å² / B_iso min: 18.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→52.933 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6483	0	18	368	6869
B_iso mean	-	-	49.07	43.79	-
残基数	-	-	-	-	806

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9-1.9297	0.3739	130	0.3229	2609	93
1.9297-1.9614	0.3038	153	0.2902	2536	91
1.9614-1.9952	0.3095	147	0.2524	2648	95
1.9952-2.0315	0.2395	145	0.2329	2624	95
2.0315-2.0705	0.2721	141	0.2287	2696	95
2.0705-2.1128	0.3049	144	0.2214	2700	96
2.1128-2.1587	0.2841	132	0.2181	2631	95
2.1587-2.209	0.2485	140	0.2056	2704	96
2.209-2.2642	0.2528	162	0.1921	2648	96
2.2642-2.3254	0.2402	105	0.1903	2694	95
2.3254-2.3939	0.245	148	0.183	2676	96
2.3939-2.4711	0.2478	143	0.1794	2615	94
2.4711-2.5594	0.2517	142	0.1773	2634	94
2.5594-2.6619	0.231	151	0.1769	2722	97
2.6619-2.7831	0.2324	147	0.1885	2702	97
2.7831-2.9298	0.2222	122	0.1778	2736	97
2.9298-3.1133	0.2431	133	0.1722	2735	97
3.1133-3.3537	0.1717	131	0.1717	2686	96
3.3537-3.6911	0.1903	146	0.1591	2653	95
3.6911-4.225	0.1635	137	0.1332	2772	99
4.225-5.3222	0.171	125	0.1278	2729	97
5.3222-52.933	0.2248	152	0.1773	2700	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1745	0.8679	-1.8919	2.8823	-0.6591	2.1876	-0.1519	0.4315	-0.1961	-0.5444	0.1621	-0.0211	0.3774	-0.356	-0.0134	0.3208	-0.0371	-0.0635	0.2332	-0.0073	0.1918	-41.1406	-32.78	9.0656
2	4.6407	-0.6013	-1.8845	3.478	0.9049	3.8575	0.0172	-0.0557	0.0487	-0.0883	-0.0268	-0.519	0.1358	0.283	0.0206	0.1861	0.0394	-0.0204	0.1631	0.0278	0.1938	-28.5888	-29.8286	13.9946
3	5.9764	5.7692	-0.9344	9.3229	-1.1597	2.2956	0.527	-0.7188	0.2032	0.9799	-0.3422	0.3113	-0.1485	-0.1677	-0.2516	0.2889	-0.0106	0.0418	0.3637	0.0069	0.3541	-49.0514	-26.7681	23.5666
4	4.0151	0.6206	-0.7985	3.6798	-1.0456	2.1286	0.0099	0.0749	0.4513	-0.1552	0.1383	0.0582	-0.0355	-0.1241	-0.1073	0.2064	-0.0016	-0.0183	0.196	0.0125	0.262	-38.6037	-22.236	12.2753
5	2.8337	0.1342	1.2215	5.7265	-0.891	5.174	0.0109	0.6294	0.4617	-0.6709	-0.0565	-0.2304	-0.0016	0.0686	0.0221	0.3326	-0.0009	0.0589	0.2498	0.0471	0.2365	-31.2287	-23.6075	2.942
6	3.4419	0.9387	-4.5334	5.0861	-0.5556	6.0338	-0.5657	-0.0931	-0.5226	0.0664	-0.0847	0.1224	0.984	0.1861	0.2911	0.4676	-0.0966	0	0.2738	0.017	0.4132	-48.6305	-40.7314	14.1056
7	1.8751	-0.2706	-0.4283	3.8057	-0.9265	3.4363	-0.1273	0.0549	0.0665	0.0287	0.1896	0.3467	0.1638	-0.5466	0.0049	0.1903	0.0109	-0.0273	0.3426	0.0553	0.2208	-23.0771	-42.7869	30.2899
8	6.5281	-1.4986	-2.0867	7.3142	-0.5907	8.7117	0.285	0.5579	1.2145	-0.1998	-0.3161	-0.3544	-0.8043	0.093	-0.0435	0.2578	-0.006	-0.0089	0.2673	0.0851	0.5241	-9.2702	-29.5471	26.8504
9	4.2989	0.6592	-1.9274	3.6644	-1.5787	8.7025	0.0164	-0.4418	0.5665	0.539	0.3116	0.3056	-0.8227	-0.5425	-0.3609	0.3217	0.1515	0.0419	0.4137	0.0096	0.4061	-26.3477	-33.925	36.0743
10	5.0542	-0.0161	-0.5792	3.2489	-0.8472	3.6436	-0.167	-0.2743	0.2126	0.2524	0.1677	0.0405	0.0004	-0.3132	0.0225	0.2319	0.0413	-0.0106	0.2772	0.0291	0.1914	-17.4389	-42.5442	38.0649
11	6.5548	0.5499	-3.3568	4.6584	-1.7387	3.5797	-0.0232	-0.0925	0.0983	0.1809	0.019	-0.039	-0.0045	-0.159	0.0242	0.1746	0.0166	-0.048	0.2092	0.0169	0.2115	-14.1017	-45.3288	34.6994
12	2.9756	0.7631	-1.8052	2.9567	-0.9455	2.5137	-0.2198	0.3049	-0.1979	-0.3603	0.0853	-0.0653	-0.0282	-0.1664	0.1245	0.3433	-0.0017	-0.0267	0.2959	-0.047	0.1652	-15.588	-47.4879	-14.6862
13	5.0266	-1.8731	-1.3935	6.2759	2.5012	5.9513	-0.4711	0.18	-1.2393	-0.0147	-0.2458	0.7109	0.9614	-0.5439	0.5559	0.4707	-0.0439	0.1556	0.2767	-0.0624	0.4963	-21.0035	-61.0922	-2.1847
14	7.7432	0.8939	-1.3325	4.0753	0.4406	4.0526	-0.4088	0.4229	-0.9144	-0.624	0.0358	-0.4109	0.4669	0.0546	0.3287	0.481	0.0245	0.1273	0.2811	-0.0493	0.3226	-8.4655	-55.8909	-16.252
15	5.1254	1.0691	-0.5821	3.4325	-2.1105	3.1643	-0.0975	-0.3267	-0.0147	0.0831	0.0907	-0.1676	0.1097	0.1936	-0.0046	0.2732	0.0328	-0.029	0.2345	-0.02	0.1586	-10.845	-49.0404	-1.302
16	6.9346	-0.2803	1.1166	4.7716	-0.3673	2.0131	-0.0526	0.2041	0.2154	-0.5579	-0.015	-0.5246	0.0703	0.6184	0.144	0.365	-0.0169	0.1106	0.2963	-0.0421	0.2798	-3.1442	-43.2598	-16.2564
17	7.857	2.3559	-4.0324	3.2554	-1.629	3.0968	0.0205	0.4125	0.2244	-0.0557	0.2117	0.3461	-0.1821	-0.351	-0.1967	0.3062	0.0271	-0.062	0.3275	-0.0398	0.1985	-21.1583	-44.4673	-4.5029
18	3.8648	0.827	-4.0424	2.5268	-1.6449	4.4565	-0.0628	0.4499	0.0364	-0.2673	0.1564	0.2116	-0.0471	-0.3326	-0.1111	0.2785	0.0018	-0.0093	0.223	0.0054	0.3959	-46.5212	-58.3605	14.0202
19	6.2451	-1.5972	-2.1636	2.4426	1.6644	3.2426	0.0819	-0.2824	0.2366	0.1665	0.1237	0.2167	-0.0807	-0.0994	-0.156	0.2232	0.0022	0.0611	0.1593	0.0287	0.3783	-45.9907	-58.8153	27.8093
20	5.3551	-0.2731	-0.6574	4.4991	-2.7036	8.0911	0.0725	-0.1193	-0.0297	-0.138	-0.1389	-0.5841	-0.1273	0.6403	0.0523	0.2881	0.0445	0.0574	0.2895	-0.037	0.4597	-29.5827	-62.4614	12.8107
21	5.1848	1.5725	-0.757	5.8698	-1.7498	4.3273	0.0541	-0.2529	-0.5046	0.3777	-0.0132	-0.091	0.2891	0.1139	0.0004	0.3022	0.0588	0.055	0.2187	0.0543	0.4242	-41.3767	-66.5976	27.9695
22	7.2222	-1.8458	6.0512	2.9995	-1.2756	9.8243	0.0287	0.2917	-0.655	-0.3109	0.1626	-0.0099	0.3513	0.1668	-0.2273	0.3538	-0.0152	0.0474	0.21	-0.0547	0.4471	-41.2477	-70.4054	14.747
23	6.6368	-5.4474	-2.7257	4.5237	2.8473	6.8248	0.2754	0.7227	-0.3638	-0.6982	-0.2452	0.4509	-0.2422	-0.1007	-0.0542	0.501	0.0205	-0.0351	0.3863	-0.0047	0.497	-44.9837	-62.3214	1.3305
24	1.5782	-0.0246	-0.0118	1.567	0.5809	3.2088	-0.0959	-0.0675	-0.4934	0.1035	0.0805	0.3054	0.4163	-0.3197	0.067	0.3091	-0.0151	0.073	0.2281	0.0512	0.4888	-50.9797	-67.1048	24.0828
25	5.8121	0.8296	-3.3038	2.3883	-1.387	4.8888	0.0221	0.2963	-0.2501	-0.0285	0.0108	0.4478	0.18	-0.2873	-0.1123	0.253	0.0121	-0.0523	0.1976	-0.0073	0.396	-47.7262	-64.2146	13.6102

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 331 through 356 )	A	331 - 356
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 357 through 385 )	A	357 - 385
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 386 through 410 )	A	386 - 410
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 411 through 488 )	A	411 - 488
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 489 through 520 )	A	489 - 520
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 521 through 532 )	A	521 - 532
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 331 through 385 )	B	331 - 385
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 386 through 410 )	B	386 - 410
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 411 through 447 )	B	411 - 447
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 448 through 502 )	B	448 - 502
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 503 through 532 )	B	503 - 532
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 331 through 385 )	C	331 - 385
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 386 through 410 )	C	386 - 410
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 411 through 447 )	C	411 - 447
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 448 through 488 )	C	448 - 488
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 489 through 513 )	C	489 - 513
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 514 through 532 )	C	514 - 532
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 331 through 356 )	D	331 - 356
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 357 through 385 )	D	357 - 385
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 386 through 410 )	D	386 - 410
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 411 through 447 )	D	411 - 447
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 448 through 459 )	D	448 - 459
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 460 through 472 )	D	460 - 472
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 473 through 502 )	D	473 - 502
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 503 through 530 )	D	503 - 530

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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