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- PDB-6zou: Yeast 20S proteasome in complex with glidobactin-like natural pro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zou | ||||||
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Title | Yeast 20S proteasome in complex with glidobactin-like natural product HB333 | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / Proteasome / Inhibitor / Binding Analysis | ||||||
Function / homology | ![]() proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, L. / Le Chapelain, C. / Brachmann, A.O. / Kaiser, M. / Groll, M. / Bode, H.B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Activation, Structure, Biosynthesis and Bioactivity of Glidobactin-like Proteasome Inhibitors from Photorhabdus laumondii. Authors: Zhao, L. / Le Chapelain, C. / Brachmann, A.O. / Kaiser, M. / Groll, M. / Bode, H.B. | ||||||
History |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zp6C ![]() 6zp8C ![]() 5cz4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
|
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Components
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6 types, 12 molecules AOBPCQDRESGU
#1: Protein | Mass: 27191.828 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #2: Protein | Mass: 28748.230 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #3: Protein | Mass: 28478.111 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #4: Protein | Mass: 28649.086 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #5: Protein | Mass: 25634.000 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #7: Protein | Mass: 28033.830 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex |
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-Protein , 1 types, 2 molecules FT
#6: Protein | Mass: 31575.068 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7 types, 14 molecules HVIWJXKYLZMaNb
#8: Protein | Mass: 25114.459 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: Protein | Mass: 22627.842 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #10: Protein | Mass: 22545.676 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #11: Protein | Mass: 23325.248 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #12: Protein | Mass: 24883.928 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #13: Protein | Mass: 27200.893 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #14: Protein | Mass: 21517.186 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex |
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-Non-polymers , 4 types, 337 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/QOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#15: Chemical | ChemComp-MG / #16: Chemical | #17: Chemical | ChemComp-QOH / #18: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.8 / Details: 20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 20, 2016 |
Radiation | Monochromator: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→30 Å / Num. obs: 231040 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.74 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 22774 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5CZ4 Resolution: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 33.775 / SU ML: 0.262 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.303 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 206.33 Å2 / Biso mean: 74.29 Å2 / Biso min: 29.1 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→15 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.972 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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