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万見
- PDB-6zne: MaeB PTA domain R535E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zne
タイトルMaeB PTA domain R535E mutant
要素Malate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / malic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / acyltransferase activity / NAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Malate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Harding, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)mibtp studentship 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A rotary mechanism for allostery in bacterial hybrid malic enzymes.
著者: Harding, C.J. / Cadby, I.T. / Moynihan, P.J. / Lovering, A.L.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年3月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _chem_comp.formula ..._atom_site.label_seq_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
F: Malate dehydrogenase
E: Malate dehydrogenase
C: Malate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,1716
ポリマ－237,1716
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15030 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area77570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.420, 183.400, 120.237
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1SERSERchain AAA439 - 77621 - 358
2SERSERchain BBB439 - 77621 - 358
3ARGARGchain CCF439 - 77721 - 359
4SERSERchain DDC439 - 77621 - 358
5SERSERchain EEE439 - 77621 - 358
6SERSERchain FFD439 - 77621 - 358

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要素

#1: タンパク質
Malate dehydrogenase


分子量: 39528.477 Da / 分子数: 6 / 変異: R535E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア)
株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: mdh, Bd1833 / Variant: R535E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6MM15, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5 0.1M Magnesium Chloride 10% PEG 400 15% PEG smear medium 5% propan-2-ol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→97.603 Å / Num. obs: 96539 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.39→2.5 Å / Num. unique obs: 4863 / CC1/2: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TD9

1td9


解像度: 2.393→69.657 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 4762 4.94 %
Rwork0.2153 91608 -
obs0.2175 96370 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.41 Å2 / Biso mean: 75.4813 Å2 / Biso min: 44.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.393→69.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15581 0 0 47 15628
Biso mean---65.66 -
残基数----2029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41521451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4285977
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A9652X-RAY DIFFRACTION11.413TORSIONAL
12B9652X-RAY DIFFRACTION11.413TORSIONAL
13C9652X-RAY DIFFRACTION11.413TORSIONAL
14D9652X-RAY DIFFRACTION11.413TORSIONAL
15E9652X-RAY DIFFRACTION11.413TORSIONAL
16F9652X-RAY DIFFRACTION11.413TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.393-2.42020.45761500.4151304298
2.4202-2.44870.371530.4127308899
2.4487-2.47850.43731450.4014307399
2.4785-2.50990.38161630.38723091100
2.5099-2.54290.38661590.3672306899
2.5429-2.57780.39611580.37413099100
2.5778-2.61460.41271920.35993088100
2.6146-2.65360.40221580.34763049100
2.6536-2.69510.39051750.33273097100
2.6951-2.73930.35781660.32893093100
2.7393-2.78650.36141410.31363119100
2.7865-2.83720.34151570.30933097100
2.8372-2.89180.30931620.31023097100
2.8918-2.95080.33711890.3033107100
2.9508-3.0150.32341590.30013074100
3.015-3.08510.38661590.28013115100
3.0851-3.16220.37331510.25793109100
3.1622-3.24770.26141820.24333076100
3.2477-3.34330.30141510.2313098100
3.3433-3.45120.27511020.2386224897
3.4512-3.57460.2841420.2324262299
3.5746-3.71770.25281420.21823131100
3.7177-3.88690.25921560.20663106100
3.8869-4.09180.22461540.18593114100
4.0918-4.34810.22851640.16793106100
4.3481-4.68370.19371790.14823096100
4.6837-5.1550.20211530.15443101100
5.155-5.90060.23181740.18133139100
5.9006-7.43270.1941630.16613122100
7.4327-69.6570.17321630.1291314399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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