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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zmj | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human GFAT-1 R203H | ||||||||||||
要素 | Glutamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] 1 | ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Glutamine fructose-6-phosphate amidotransferase / GFAT / Ntn hydrolase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective GFPT1 causes CMSTA1 / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / XBP1(S) activates chaperone genes / carbohydrate derivative binding / energy reserve metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process ...Defective GFPT1 causes CMSTA1 / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / XBP1(S) activates chaperone genes / carbohydrate derivative binding / energy reserve metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / protein N-linked glycosylation / glutamine metabolic process / circadian regulation of gene expression / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.774 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ruegenberg, S. / Mayr, F. / Miethe, S. / Atanassov, I. / Baumann, U. / Denzel, M.S. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Protein kinase A controls the hexosamine pathway by tuning the feedback inhibition of GFAT-1. 著者: Ruegenberg, S. / Mayr, F.A.M.C. / Atanassov, I. / Baumann, U. / Denzel, M.S. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Protein kinase A controls the hexosamine pathway by tuning the feedback inhibition of GFAT-1 著者: Ruegenberg, S. / Mayr, F. / Miethe, S. / Atanassov, I. / Baumann, U. / Denzel, M.S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zmj.cif.gz | 747.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zmj.ent.gz | 637.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zmj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/6zmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/6zmj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77676.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFPT1, GFAT, GFPT 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q06210, glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GLU / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.42 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis tris propane pH 8.75, 0.2 M Potassium sodium tartrae, 20 % PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.774→48.653 Å / Num. obs: 49792 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.774→2.873 Å / Num. unique obs: 4773 / CC1/2: 0.45 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6R4E 解像度: 2.774→48.653 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 419.52 Å2 / Biso mean: 104.9774 Å2 / Biso min: 29.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.774→48.653 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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