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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zl7 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF C173S MUTATION IN THE PMGL2 ESTERASE FROM PERMAFROST METAGENOMIC LIBRARY | ||||||
要素 | PMGL2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PMGL2 / ESTERASE / PERMAFROST / METAGENOMIC LIBRARY / LIPASE / MUTANT | ||||||
機能・相同性 | : / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Chem-PG6 / PMGL2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | uncultured bacterium (環境試料) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Goryaynova, D.A. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevskiy, D.A. / Kryukova, M.V. / Petrovskaya, L.E. / Novototskaya-Vlasova, K.A. / Rivkina, E.M. / Dolgikh, D.A. / Kirpichnikov, M.P. / Popov, V.O. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF C173S MUTATION IN THE PMGL2 ESTERASE FROM PERMAFROST METAGENOMIC LIBRARY 著者: Goryaynova, D.A. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Korzhenevskiy, D.A. / Kryukova, M.V. / Petrovskaya, L.E. / Novototskaya-Vlasova, K.A. / Rivkina, E.M. / Dolgikh, D.A. / Kirpichnikov, M.P. / Popov, V.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zl7.cif.gz | 143.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zl7.ent.gz | 109.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zl7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zl7_validation.pdf.gz | 773.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zl7_full_validation.pdf.gz | 778.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6zl7_validation.xml.gz | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zl7_validation.cif.gz | 42.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/6zl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/6zl7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6qinS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37546.379 Da / 分子数: 2 / 変異: T173S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142J6I6, triacylglycerol lipase #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.62 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 250mM Magnesium chloride, 12-18% PEG3350, 100mM HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→56.54 Å / Num. obs: 95216 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 16.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6QIN 解像度: 1.5→56.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.302 / SU ML: 0.048 / SU R Cruickshank DPI: 0.0718 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.9 Å2 / Biso mean: 18.289 Å2 / Biso min: 7.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→56.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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