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- PDB-6zjb: Crystal structure of human adenylate kinase 3, AK3, in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zjb
タイトルCrystal structure of human adenylate kinase 3, AK3, in complex with inhibitor Gp5A
要素GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / GTP:AMP PHOSPHOTRANSFERASE / Gp5A
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-triphosphate-adenylate kinase / ITP metabolic process / UTP metabolic process / nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / GTP metabolic process / ligase activity / blood coagulation ...nucleoside-triphosphate-adenylate kinase / ITP metabolic process / UTP metabolic process / nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / GTP metabolic process / ligase activity / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / mitochondrial matrix / GTP binding / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase 3/4, mitochondrial / Adenylate kinase, active site lid domain superfamily / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
P1-(5'-ADENOSYL)-P5-(5'-GUANOSYL) PENTAPHOSPHATE / GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.822 Å
データ登録者Grundstrom, C. / Rogne, P. / Wolf-Watz, M. / Sauer-Eriksson, A.E.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for GTP versus ATP Selectivity in the NMP Kinase AK3.
著者: Rogne, P. / Dulko-Smith, B. / Goodman, J. / Rosselin, M. / Grundstrom, C. / Hedberg, C. / Nam, K. / Sauer-Eriksson, A.E. / Wolf-Watz, M.
履歴
登録2020年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
B: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
C: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
D: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
E: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
F: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,33618
ポリマ－153,5966
非ポリマー5,74012
水13,926773
1
A: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5563
ポリマ－25,5991
非ポリマー9572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5563
ポリマ－25,5991
非ポリマー9572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5563
ポリマ－25,5991
非ポリマー9572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5563
ポリマ－25,5991
非ポリマー9572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5563
ポリマ－25,5991
非ポリマー9572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5563
ポリマ－25,5991
非ポリマー9572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.468, 66.760, 105.909
Angle α, β, γ (deg.)93.790, 93.950, 89.710
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial / Adenylate kinase 3 / AK 3 / Adenylate kinase 3 alpha-like 1


分子量: 25599.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AK3, AK3L1, AK6, AKL3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UIJ7, nucleoside-triphosphate-adenylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-G5P / P1-(5'-ADENOSYL)-P5-(5'-GUANOSYL) PENTAPHOSPHATE / Ap5G


分子量: 932.366 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O23P5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 773 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Purified hAK3 was dialyzed against 30 mM MOPS buffer with 50 mM NaCl pH 7.0 and concentrated to 15-20 mg per ml. The resevoir contained 20% isopropanol, 0.1 M NaCitrate pH 5.6 and 20% PEG ...詳細: Purified hAK3 was dialyzed against 30 mM MOPS buffer with 50 mM NaCl pH 7.0 and concentrated to 15-20 mg per ml. The resevoir contained 20% isopropanol, 0.1 M NaCitrate pH 5.6 and 20% PEG 4000. Drop size 1 plus 1 microliter.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.822→45.36 Å / Num. obs: 103037 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.822→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 9068 / CC1/2: 0.632 / Rpim(I) all: 0.6 / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zd8

1zd8


解像度: 1.822→45.36 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 5307 5.15 %
Rwork0.1916 97690 -
obs0.195 102997 92.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.22 Å2 / Biso mean: 37.9739 Å2 / Biso min: 13.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.822→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10403 0 354 798 11555
Biso mean--29.73 36.52 -
残基数----1300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8221-1.84280.4704970.3811211761
1.8428-1.86450.43381850.3629322093
1.8645-1.88720.38661720.33327292
1.8872-1.91110.31871760.3119324993
1.9111-1.93620.36861810.2817321093
1.9362-1.96280.35671670.2691336294
1.9628-1.99080.31611680.264327194
1.9908-2.02050.30741920.2514328394
2.0205-2.05210.30331740.2404327094
2.0521-2.08570.30591720.2314328993
2.0857-2.12170.2941890.2316324594
2.1217-2.16030.31831690.2352340695
2.1603-2.20180.28371580.2224322893
2.2018-2.24680.29021580.2198329793
2.2468-2.29560.26981740.202329094
2.2956-2.3490.28591800.1972324794
2.349-2.40780.29391830.1934333194
2.4078-2.47290.26771900.1893325194
2.4729-2.54560.24912090.1894326994
2.5456-2.62780.27031940.1826332395
2.6278-2.72170.28231750.1863333696
2.7217-2.83070.24211890.1884333995
2.8307-2.95950.28091950.2008328295
2.9595-3.11550.25452090.1935336095
3.1155-3.31060.25031960.1784330595
3.3106-3.56610.23561880.1728328995
3.5661-3.92480.2121770.162332094
3.9248-4.49230.23351380.1499334094
4.4923-5.65810.2121690.1539332395
5.6581-45.360.20851830.1842336696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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