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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zia | ||||||||||||||||||
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タイトル | Ultrafast Structural Response to Charge Redistribution Within a Photosynthetic Reaction Centre - 8 us structure | ||||||||||||||||||
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![]() | ELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRANSPORT Photosynthesis Membrane Protein | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Baath, P. / Dods, R. / Braenden, G. / Neutze, R. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ultrafast structural changes within a photosynthetic reaction centre. 著者: Dods, R. / Bath, P. / Morozov, D. / Gagner, V.A. / Arnlund, D. / Luk, H.L. / Kubel, J. / Maj, M. / Vallejos, A. / Wickstrand, C. / Bosman, R. / Beyerlein, K.R. / Nelson, G. / Liang, M. / ...著者: Dods, R. / Bath, P. / Morozov, D. / Gagner, V.A. / Arnlund, D. / Luk, H.L. / Kubel, J. / Maj, M. / Vallejos, A. / Wickstrand, C. / Bosman, R. / Beyerlein, K.R. / Nelson, G. / Liang, M. / Milathianaki, D. / Robinson, J. / Harimoorthy, R. / Berntsen, P. / Malmerberg, E. / Johansson, L. / Andersson, R. / Carbajo, S. / Claesson, E. / Conrad, C.E. / Dahl, P. / Hammarin, G. / Hunter, M.S. / Li, C. / Lisova, S. / Royant, A. / Safari, C. / Sharma, A. / Williams, G.J. / Yefanov, O. / Westenhoff, S. / Davidsson, J. / DePonte, D.P. / Boutet, S. / Barty, A. / Katona, G. / Groenhof, G. / Branden, G. / Neutze, R. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 347 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 244 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6zhwC ![]() 6zi4C ![]() 6zi5C ![]() 6zi6C ![]() 6zi9C ![]() 6zidC ![]() 2i5nS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#1: タンパク質 | 分子量: 37450.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM
#2: タンパク質 | 分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 30469.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 35932.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 11種, 185分子 ![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/DGA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/HTO.gif)
![](data/chem/img/BCB.gif)
![](data/chem/img/BPB.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/MQ7.gif)
![](data/chem/img/NS5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/MQ7.gif)
![](data/chem/img/NS5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-HEC / #6: 化合物 | ChemComp-DGA / | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 化合物 | ChemComp-LDA / #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-BCB / #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-FE / | #13: 化合物 | ChemComp-MQ7 / | #14: 化合物 | ChemComp-NS5 / | #15: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.76 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Macrocrystal growth: 10 mg/ml protein, 3.6 M ammonium sulphate, 6 % w/v heptane-1,2,3-triol, 20 mM KH203/K2H03 pH 6.8, 0.1 % LDAO 20 ul sitting drop, 10 protein : 10 precipitant Microcrystals: ...詳細: Macrocrystal growth: 10 mg/ml protein, 3.6 M ammonium sulphate, 6 % w/v heptane-1,2,3-triol, 20 mM KH203/K2H03 pH 6.8, 0.1 % LDAO 20 ul sitting drop, 10 protein : 10 precipitant Microcrystals: 8.5 mg/ml protein 18.5 ul sitting drop, 10 protein : 7.5 precipitant : 1 seed stock |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→34.5 Å / Num. obs: 75089 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 957 % / Biso Wilson estimate: 89.07 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.72 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 4961 / CC1/2: 0.826 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2I5N 解像度: 2.8→34.31 Å / SU ML: 0.2127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.1342 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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