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- PDB-6zhi: Structure of the Plasmodium falciparum Hsp70-x substrate binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zhi
タイトルStructure of the Plasmodium falciparum Hsp70-x substrate binding domain in complex with hydrophobic peptide
要素
  • ASN-ARG-LEU-LEU-LEU-THR-GLY
  • Heat shock protein 70
キーワードCHAPERONE / malaria / erythrocyte remodelling / PfHsp70-x / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA Splicing - Major Pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Neutrophil degranulation / : / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA Splicing - Major Pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Neutrophil degranulation / : / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / ATPase, nucleotide binding domain / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein 70
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Schmidt, J. / Vakonakis, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009274/1 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structure of the substrate-binding domain of Plasmodium falciparum heat-shock protein 70-x.
著者: Schmidt, J. / Vakonakis, I.
履歴
登録2020年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 70
B: Heat shock protein 70
C: Heat shock protein 70
D: Heat shock protein 70
E: ASN-ARG-LEU-LEU-LEU-THR-GLY
F: ASN-ARG-LEU-LEU-LEU-THR-GLY
G: ASN-ARG-LEU-LEU-LEU-THR-GLY
H: ASN-ARG-LEU-LEU-LEU-THR-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4928
ポリマ－106,4928
非ポリマー00
水00
1
D: Heat shock protein 70
H: ASN-ARG-LEU-LEU-LEU-THR-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6232
ポリマ－26,6232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Heat shock protein 70
E: ASN-ARG-LEU-LEU-LEU-THR-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6232
ポリマ－26,6232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
3
B: Heat shock protein 70
G: ASN-ARG-LEU-LEU-LEU-THR-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6232
ポリマ－26,6232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
4
C: Heat shock protein 70
F: ASN-ARG-LEU-LEU-LEU-THR-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6232
ポリマ－26,6232
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.069, 93.853, 85.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Heat shock protein 70 / Hsp70-x


分子量: 25835.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_0831700 / プラスミド: pFLOAT
詳細 (発現宿主): pET30a derivative with His-tag and 3C cleavage site
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: K7NTP5
#2: タンパク質・ペプチド
ASN-ARG-LEU-LEU-LEU-THR-GLY


分子量: 786.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M bicine/2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol base 10% w/v PEG 20,000 20% w/v PEG MME 550 0.03 M of each of di- to penta-ethyleneglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→93.89 Å / Num. obs: 17457 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 94.35 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.25→3.31 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 1.857 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 796 / CC1/2: 0.568 / Rpim(I) all: 0.777 / Rrim(I) all: 2.016 / % possible all: 94.09

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PO2

4po2


解像度: 3.25→84.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.635
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.321 843 4.83 %RANDOM
Rwork0.297 ---
obs0.298 17437 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 152.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.8165 Å20 Å2-11.221 Å2
2---11.4099 Å20 Å2
3---27.2264 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.81 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.25→84.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7012 0 0 0 7012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097088HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.129562HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2644SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1226HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7088HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion11.27
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion976SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7927SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.28 Å / Total num. of bins used: 42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2994 -4.09 %
Rwork0.2892 399 -
all0.2896 416 -
obs--90.27 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
120.0262-33.67060.2351
22.7493-16.7489-29.0483
319.6701-40.8956-36.0555
441.3168-13.138-9.2657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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