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- PDB-6zff: Pyrococcus furiosus Rad50 coiled coils in rod configuration -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zff
タイトルPyrococcus furiosus Rad50 coiled coils in rod configuration
要素DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
キーワードDNA / double strand break repair / DNA damge response / scaffold / closed coiled coil arms
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / AAA domain, putative AbiEii toxin, Type IV TA system / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase, archaeal type / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / ATPase, AAA-type, core / Helix Hairpins ...Helix hairpin bin / AAA domain, putative AbiEii toxin, Type IV TA system / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase, archaeal type / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / ATPase, AAA-type, core / Helix Hairpins / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Soh, Y.M. / Basquin, J. / Gruber, S.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC COG 724482
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A6A3A03006597 韓国
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: A rod conformation of the Pyrococcus furiosus Rad50 coiled coil.
著者: Soh, Y.M. / Basquin, J. / Gruber, S.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: A rod conformation of the Pyrococcus furiosus Rad50 coiled coil
著者: Soh, Y.M. / Basquin, J. / Gruber, S.
履歴
登録2020年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id ..._struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
B: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9953
ポリマ－32,9302
非ポリマー651
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.300, 128.300, 74.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DNA double-strand break repair Rad50 ATPase / pfRad50


分子量: 16464.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
遺伝子: rad50, PF1167 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P58301
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.25 M ammonium sulfate and 50 mM Tris/HCl pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.28098 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28098 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→45.37 Å / Num. obs: 12199 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 69.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.71
反射 シェル解像度: 3.001→3.108 Å / Num. unique obs: 1216 / CC1/2: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→45.37 Å / SU ML: 0.3299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.6505
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 1208 10.06 %
Rwork0.2498 10805 -
obs0.254 12013 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2012 0 1 1 2014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01142018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31922698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0557324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3268265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.120.29181300.26261195X-RAY DIFFRACTION97.21
3.12-3.260.29861360.24381207X-RAY DIFFRACTION99.19
3.26-3.430.29771370.25091185X-RAY DIFFRACTION99.1
3.44-3.650.32181290.25911152X-RAY DIFFRACTION96.24
3.65-3.930.29611280.25411166X-RAY DIFFRACTION95.43
3.93-4.330.30651370.25381216X-RAY DIFFRACTION99.78
4.33-4.940.22951350.22241212X-RAY DIFFRACTION99.78
4.96-6.230.35931410.31951228X-RAY DIFFRACTION99.93
6.25-45.370.28421350.22791244X-RAY DIFFRACTION99.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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