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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zf2 | ||||||
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タイトル | Keap1 kelch domain bound to a small molecule inhibitor of the Keap1-Nrf2 protein-protein interaction | ||||||
要素 | Kelch-like ECH-associated protein 1 | ||||||
キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Keap1 / Nrf2 / Oxidative stress / Small molecule complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity ...cellular response to carbohydrate stimulus / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament / adherens junction / disordered domain specific binding / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein ubiquitination / negative regulation of gene expression / focal adhesion / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Narayanan, D. / Bach, A. / Gajhede, M. | ||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Deconstructing Noncovalent Kelch-like ECH-Associated Protein 1 (Keap1) Inhibitors into Fragments to Reconstruct New Potent Compounds. 著者: Pallesen, J.S. / Narayanan, D. / Tran, K.T. / Solbak, S.M.O. / Marseglia, G. / Sorensen, L.M.E. / Hoj, L.J. / Munafo, F. / Carmona, R.M.C. / Garcia, A.D. / Desu, H.L. / Brambilla, R. / ...著者: Pallesen, J.S. / Narayanan, D. / Tran, K.T. / Solbak, S.M.O. / Marseglia, G. / Sorensen, L.M.E. / Hoj, L.J. / Munafo, F. / Carmona, R.M.C. / Garcia, A.D. / Desu, H.L. / Brambilla, R. / Johansen, T.N. / Popowicz, G.M. / Sattler, M. / Gajhede, M. / Bach, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zf2.cif.gz | 212.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zf2.ent.gz | 143.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zf2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zf2_validation.pdf.gz | 745.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zf2_full_validation.pdf.gz | 746.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6zf2_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zf2_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zf2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6zewC 6zexC 6zeyC 6zezC 6zf0C 6zf1C 6zf3C 6zf4C 6zf5C 6zf6C 6zf7C 6zf8C 5fnuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33362.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Z2X8 | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-DMS / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-QJ5 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 1.0 M Lithium sulfate monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.980201 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月23日 / 詳細: KB mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.980201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→46.17 Å / Num. obs: 15811 / % possible obs: 92.74 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 40.54 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.05615 / Rpim(I) all: 0.04098 / Rrim(I) all: 0.06986 / Net I/σ(I): 11.82 |
反射 シェル | 解像度: 2.203→2.282 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4506 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1624 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.328 / Rrim(I) all: 0.5601 / % possible all: 95.75 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5FNU 解像度: 2.2→46.17 Å / SU ML: 0.303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.8444 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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