PDB-6zel: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zel

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX with compound F5

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

CELL CYCLE / BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4 ISOFORM LONG / BRD4 / BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4 / CAP / HUNK1 / MCAP / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / histone reader activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Krojer, T. / Martinez-Cartro, M. / Picaud, S. / Filippakopoulos, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Barril, X. / von Delft, F.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX with compound F5
著者: Martinez-Cartro, M. / Barril, X.

履歴

登録	2020年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月19日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zel.cif.gz	73.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zel.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zel_validation.pdf.gz	722 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zel_full_validation.pdf.gz	722 KB	表示
XML形式データ	6zel_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	6zel_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mxfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dx4-d 4o7a-d 3svg-d 4cfk-d 5o97-d 6zed-d 6ciy-d 4o75-d 6ji3-d 4meo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.235, 44.141, 78.441
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-QGQ / 3,5-dimethyl-4-[(6-methylpyrimidin-4-yl)sulfanylmethyl]-1,2-oxazole 分子量: 235.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃N₃OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M bis-tris-propane pH 7.9, 20% PEG3350, 0.2M sodium fluoride, 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.12→39.221 Å / Num. obs: 48062 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 25.6
反射シェル	解像度: 1.12→1.14 Å / Num. unique obs: 1773 / CC_1/2: 0.994

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3MXF

3mxf

解像度: 1.12→39.221 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 0.579 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1466	2406	5.012 %
R_work	0.1249	45602	-
all	0.126	-	-
obs	-	48008	95.003 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.188 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.145 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.429 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.574 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→39.221 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1053	0	28	189	1270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.726	1.668	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.569	1.588	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.063	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.852	25.088	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.131	15	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.104	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.094	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.229	0.821	524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	10.219	0.822	525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.136	1.225	659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.129	1.231	660
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.568	1.066	622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.567	1.067	623
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.959	1.521	901
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.955	1.522	902
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.495	10.983	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.502	10.994	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.195	3	2205

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.12-1.149	0.137	131	0.095	2656	0.097	3674	0.977	0.984	75.8574	0.087
1.149-1.181	0.113	169	0.088	3139	0.089	3592	0.986	0.989	92.0935	0.081
1.181-1.215	0.107	169	0.088	3127	0.089	3488	0.987	0.989	94.4954	0.085
1.215-1.252	0.122	177	0.09	3056	0.092	3404	0.983	0.987	94.9765	0.086
1.252-1.293	0.119	157	0.087	2978	0.089	3290	0.983	0.989	95.2888	0.085
1.293-1.338	0.124	142	0.089	2923	0.09	3211	0.981	0.987	95.4531	0.087
1.338-1.389	0.126	139	0.092	2825	0.093	3079	0.983	0.987	96.265	0.091
1.389-1.446	0.12	173	0.091	2687	0.093	2960	0.983	0.988	96.6216	0.093
1.446-1.51	0.119	133	0.092	2627	0.093	2854	0.984	0.987	96.7064	0.094
1.51-1.583	0.12	112	0.096	2538	0.097	2739	0.984	0.987	96.7506	0.101
1.583-1.669	0.133	138	0.101	2417	0.103	2615	0.981	0.984	97.7055	0.108
1.669-1.77	0.144	109	0.116	2316	0.117	2491	0.975	0.981	97.3505	0.128
1.77-1.892	0.137	119	0.119	2138	0.12	2291	0.978	0.982	98.5159	0.135
1.892-2.043	0.143	102	0.126	2044	0.127	2189	0.978	0.979	98.0356	0.145
2.043-2.237	0.151	80	0.13	1905	0.13	2013	0.975	0.979	98.609	0.154
2.237-2.5	0.153	111	0.144	1704	0.144	1840	0.973	0.975	98.6413	0.175
2.5-2.885	0.18	69	0.158	1554	0.159	1632	0.96	0.969	99.4485	0.197
2.885-3.529	0.161	81	0.16	1295	0.16	1387	0.973	0.974	99.2069	0.205
3.529-4.97	0.128	57	0.15	1046	0.149	1114	0.982	0.98	99.0126	0.197
4.97-39.221	0.293	38	0.221	627	0.226	670	0.973	0.966	99.2537	0.299

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関連情報:EMDBヘッダ

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