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万見
- PDB-6ze6: FAD-dependent oxidoreductase from Chaetomium thermophilum in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ze6
タイトルFAD-dependent oxidoreductase from Chaetomium thermophilum in complex with fragment 4-nitrocatechol
要素FAD-dependent oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Chaetomium thermophilum / glucose-methanol-choline oxidoreductase / 4-nitrocatechol / fragment screening
機能・相同性4-NITROCATECHOL / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Svecova, L. / Skalova, T. / Kolenko, P. / Koval, T. / Oestergaard, L.H. / Dohnalek, J.
資金援助 チェコ, 6件
組織認可番号国
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776 チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0109 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015043 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLQ1604 チェコ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Crystallographic fragment screening-based study of a novel FAD-dependent oxidoreductase from Chaetomium thermophilum.
著者: Svecova, L. / Ostergaard, L.H. / Skalova, T. / Schnorr, K.M. / Koval', T. / Kolenko, P. / Stransky, J. / Sedlak, D. / Duskova, J. / Trundova, M. / Hasek, J. / Dohnalek, J.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-dependent oxidoreductase
B: FAD-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,88528
ポリマ－128,5342
非ポリマー5,35126
水33,9401884
1
A: FAD-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,09516
ポリマ－64,2671
非ポリマー2,82715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FAD-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,79112
ポリマ－64,2671
非ポリマー2,52311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.565, 109.746, 116.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FAD-dependent oxidoreductase


分子量: 64267.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The provided sequence corresponds to the mass spectrometry analysis of sample used for crystallization.
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0048040 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)

-
糖 , 2種, 11分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 7種, 1899分子

#3: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-4NC / 4-NITROCATECHOL


分子量: 155.108 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1884 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 17 % (w/v) PEG MME 5000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5, 0.16 M magnesium formate, 20 mM MgCl2, protein concentration 8 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→29.063 Å / Num. obs: 314691 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.26→1.28 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.978 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 14281 / CC1/2: 0.66 / Rpim(I) all: 0.439 / Rrim(I) all: 1.076 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZE2

6ze2


解像度: 1.26→29.063 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / SU B: 0.997 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034
詳細: Hydrogens have been added for refinement in the riding positions. The last refinement cycle was performed against all reflections.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14714 6192 2 %random selection
Rwork0.11296 314581 --
all0.114 ---
obs0.1144 314581 98.218 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å2-0 Å2
2---0.477 Å20 Å2
3----0.082 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→29.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8917 0 349 1884 11150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01310041
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8391.68213862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5771.59421372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg19.9265.51380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.76420.87483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.108151507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0971578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.22068
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.28744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.24944
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.090.24173
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.21286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1330.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1020.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1760.269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2461.2144843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2461.2144844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5271.8336092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5291.8346093
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2121.4865198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2051.4855192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5722.1547690
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5732.1547691
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.48491.30911676
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.779319203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Num. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.26-1.29300.22721681X-RAY DIFFRACTION92.3696
1.293-1.32800.19922169X-RAY DIFFRACTION96.9476
1.328-1.36600.17821850X-RAY DIFFRACTION98.0612
1.366-1.40800.15721335X-RAY DIFFRACTION98.7411
1.408-1.45400.13620711X-RAY DIFFRACTION98.5909
1.454-1.50500.1220098X-RAY DIFFRACTION98.8151
1.505-1.56200.11119180X-RAY DIFFRACTION97.9621
1.562-1.62600.08918733X-RAY DIFFRACTION99.1951
1.626-1.69800.07618048X-RAY DIFFRACTION99.203
1.698-1.7800.07217180X-RAY DIFFRACTION99.1287
1.78-1.87600.07316340X-RAY DIFFRACTION99.0423
1.876-1.9900.08415499X-RAY DIFFRACTION98.8772
1.99-2.12600.09314585X-RAY DIFFRACTION98.8278
2.126-2.29600.09213533X-RAY DIFFRACTION98.558
2.296-2.51300.0912649X-RAY DIFFRACTION99.8973
2.513-2.80800.10211534X-RAY DIFFRACTION99.8269
2.808-3.23700.11710146X-RAY DIFFRACTION99.2565
3.237-3.95300.1228542X-RAY DIFFRACTION98.2517
3.953-5.54300.1276748X-RAY DIFFRACTION98.3673
5.543-29.0600.2094023X-RAY DIFFRACTION99.5299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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