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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ze5 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | FAD-dependent oxidoreductase from Chaetomium thermophilum in complex with fragment 2-(1H-indol-3-yl)-N-[(1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)methyl]ethanamine | |||||||||||||||||||||
要素 | FAD-dependent oxidoreductase | |||||||||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Chaetomium thermophilum / glucose-methanol-choline oxidoreductase / 2-(1H-indol-3-yl)-N-[(1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)methyl]ethanamine / fragment screening | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Chem-4AQ / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Svecova, L. / Skalova, T. / Kolenko, P. / Koval, T. / Oestergaard, L.H. / Dohnalek, J. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | チェコ, 6件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Crystallographic fragment screening-based study of a novel FAD-dependent oxidoreductase from Chaetomium thermophilum. 著者: Svecova, L. / Ostergaard, L.H. / Skalova, T. / Schnorr, K.M. / Koval', T. / Kolenko, P. / Stransky, J. / Sedlak, D. / Duskova, J. / Trundova, M. / Hasek, J. / Dohnalek, J. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ze5.cif.gz | 340.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ze5.ent.gz | 218 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ze5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ze5_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ze5_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ze5_validation.xml.gz | 55.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ze5_validation.cif.gz | 85.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6ze5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6ze5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ze2SC 6ze3C 6ze4C 6ze6C 6ze7C 7aa2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/807 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 64267.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The provided sequence corresponds to the mass spectrometry analysis of sample used for crystallization. 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0048040 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) |
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-糖 , 2種, 8分子
#2: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 1283分子
#3: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-FMT / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 17 % (w/v) PEG MME 5000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5, 0.16 M magnesium formate, 20 mM MgCl2, protein concentration 8 mg/ml |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→43.4 Å / Num. obs: 105562 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 0.673 / Num. unique obs: 5247 / CC1/2: 0.673 / Rpim(I) all: 0.469 / Rrim(I) all: 0.888 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ZE2 解像度: 1.82→43.4 Å / SU ML: 0.1883 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 18.1567 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 詳細: Hydrogens have been added for refinement in the riding positions. The last refinement cycle was performed against all reflections.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→43.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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