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万見
- PDB-6zdr: Crystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zdr
タイトルCrystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2-bRIL in complex with Chromone 4d
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
キーワードPROTEIN BINDING / G protein-coupled receptor / membrane protein / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / synaptic transmission, dopaminergic / : / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / membrane depolarization / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / : / cellular defense response / prepulse inhibition / phagocytosis / response to amphetamine / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / central nervous system development / astrocyte activation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / positive regulation of apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / periplasmic space / electron transfer activity / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / dendrite / heme binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-QGE / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.918 Å
データ登録者Verdon, G. / Jespers, W. / Azuaje, J. / Majellaro, M. / Keranen, H. / Garcia-mera, X. / Congreve, M. / Deflorian, F. / de Graaf, C. / Zhukov, A. ...Verdon, G. / Jespers, W. / Azuaje, J. / Majellaro, M. / Keranen, H. / Garcia-mera, X. / Congreve, M. / Deflorian, F. / de Graaf, C. / Zhukov, A. / Dore, A. / Mason, J. / Aqvist, J. / Cooke, R. / Sotelo, E. / Gutierrez-de-Teran, H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: X-Ray Crystallography and Free Energy Calculations Reveal the Binding Mechanism of A 2A Adenosine Receptor Antagonists.
著者: Jespers, W. / Verdon, G. / Azuaje, J. / Majellaro, M. / Keranen, H. / Garcia-Mera, X. / Congreve, M. / Deflorian, F. / de Graaf, C. / Zhukov, A. / Dore, A.S. / Mason, J.S. / Aqvist, J. / ...著者: Jespers, W. / Verdon, G. / Azuaje, J. / Majellaro, M. / Keranen, H. / Garcia-Mera, X. / Congreve, M. / Deflorian, F. / de Graaf, C. / Zhukov, A. / Dore, A.S. / Mason, J.S. / Aqvist, J. / Cooke, R.M. / Sotelo, E. / Gutierrez-de-Teran, H.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,05621
ポリマ－47,9971
非ポリマー6,06020
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area20530 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.263, 180.226, 140.001
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a / Cytochrome b-562


分子量: 47996.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 6種, 124分子

#2: 化合物 ChemComp-QGE / [3-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)-4-oxidanylidene-6-propyl-chromen-7-yl] ethanoate / 3-(4-メチル-2-チアゾリル)-6-プロピル-7-アセトキシクロモン


分子量: 343.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: PEG 400; Sodium Citrate; Sodium Thiocyanate; 2,5 Hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.918→45.06 Å / Num. obs: 32710 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.862 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.92→2 Å / Num. unique obs: 655 / CC1/2: 0.527

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IU4

5iu4


解像度: 1.918→45.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.143
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2177 1636 -RANDOM
Rwork0.2077 ---
obs0.2082 32710 84.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8327 Å20 Å20 Å2
2--5.9351 Å20 Å2
3----4.1024 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.918→45.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2958 0 327 104 3389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0223391HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.474572HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1260SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes541HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3365HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion445SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3180SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.38
LS精密化 シェル解像度: 1.92→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 35 -
Rwork0.2334 --
obs0.2346 655 14.71 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10-0.00650.1390.12260.00720.01320.0025-0.04260.024-0.0426-0.0153-0.06220.024-0.06220.0128-0.0004-0.0086-0.00340.04870.0085-0.0596-21.8684-7.321917.8996
20.8283-1.40390.44631.3806-0.428400.0885-0.50150.4264-0.50150.1669-0.14790.4264-0.1479-0.2554-0.02240.0817-0.001-0.1852-0.04630.17861.1531-55.105720.1162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - A|208 A|219 - A|305 A|1201 - A|1201 }A0 - 208
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - A|208 A|219 - A|305 A|1201 - A|1201 }A219 - 305
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - A|208 A|219 - A|305 A|1201 - A|1201 }A1201
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - A|1106 }A1001 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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