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万見
- PDB-6zdb: NMR structural analysis of yeast Cox13 reveals its C-terminus in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zdb
タイトルNMR structural analysis of yeast Cox13 reveals its C-terminus in interaction with ATP
要素Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / membrane protein / solution structure / ATP/ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial respirasome assembly / : / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / enzyme regulator activity / aerobic respiration / proton transmembrane transport / oxidoreductase activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Shu, Z. / Pontus, P. / Peter, B. / Lena, M. / Pia, A.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2021
タイトル: NMR structural analysis of the yeast cytochrome c oxidase subunit Cox13 and its interaction with ATP.
著者: Zhou, S. / Pettersson, P. / Bjorck, M.L. / Dawitz, H. / Brzezinski, P. / Maler, L. / Adelroth, P.
履歴
登録2020年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
B: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0922
ポリマ－30,0922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area730 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area29250 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa


分子量: 15046.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: COX13, YGL191W, G1341 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P32799

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N TROSY HSQC
122isotropic23D backbone experiments
132isotropic23D sidechain experiments
142isotropic23D 15N-NOESY
152isotropic23D 13C-NOESY
163isotropic23D 15N-filtered/edited-NOESY
173isotropic23D 13C-filtered/edited-NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle10.5 mM [U-15N] Cytochrome c oxidase subunit 13, Cox13, 90% H2O/10% D2O15N_Cox1390% H2O/10% D2O
micelle20.5 mM [U-13C; U-15N] Cytochrome c oxidase subunit 13, Cox13, 90% H2O/10% D2O[15N, 13C]_Cox1390% H2O/10% D2O
micelle30.5 mM 50%[15N, 13C] mixed with 50% [14N, 12C] Cytochrome c oxidase subunit 13, Cox13, 90% H2O/10% D2O50%[15N, 13C] mixed with 50% [14N, 12C]_Cox13_Cox1390% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCytochrome c oxidase subunit 13, Cox13[U-15N]1
0.5 mMCytochrome c oxidase subunit 13, Cox13[U-13C; U-15N]2
0.5 mMCytochrome c oxidase subunit 13, Cox1350%[15N, 13C] mixed with 50% [14N, 12C]3
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: 1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 313.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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