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万見
- PDB-6zbs: Beta ODAP Synthetase (BOS) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zbs
タイトルBeta ODAP Synthetase (BOS)
要素Beta ODAP Synthetase (BOS)
キーワードTRANSFERASE / Synthetase
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Lathyrus sativus (マメ科)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Dym, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2015839 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification and characterization of the key enzyme in the biosynthesis of the neurotoxin beta-ODAP in grass pea.
著者: Goldsmith, M. / Barad, S. / Knafo, M. / Savidor, A. / Ben-Dor, S. / Brandis, A. / Mehlman, T. / Peleg, Y. / Albeck, S. / Dym, O. / Ben-Zeev, E. / Barbole, R.S. / Aharoni, A. / Reich, Z.
履歴
登録2020年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta ODAP Synthetase (BOS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6295
ポリマ－49,3691
非ポリマー2614
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.200, 66.200, 226.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-681-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta ODAP Synthetase (BOS)


分子量: 49368.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lathyrus sativus (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M MgCl2 0.05M HEPES pH=7 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→46.81 Å / Num. obs: 21933 / % possible obs: 98.83 % / 冗長度: 19.3 % / CC1/2: 0.75 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 49.73
反射 シェル解像度: 2.35→2.434 Å / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 5.75 / Num. unique obs: 2130 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.2717 / % possible all: 99.77

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KE4

4ke4


解像度: 2.35→46.81 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 1112 5.08 %
Rwork0.2061 20795 -
obs0.2089 21907 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.25 Å2 / Biso mean: 43.7092 Å2 / Biso min: 19.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→46.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 13 111 3452
Biso mean--47.75 40.3 -
残基数----424
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.35-2.45690.33961420.25342533
2.4569-2.58650.28621240.24042532
2.5865-2.74850.27441250.23032565
2.7485-2.96070.33991300.23762553
2.9607-3.25860.28011350.22412575
3.2586-3.72990.26171360.20932606
3.7299-4.69860.23141560.17442627
4.6986-46.810.23211640.1932804

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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