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- PDB-6zbh: Merozoite surface protein 1 (MSP-1) from Plasmodium falciparum, a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zbh
タイトルMerozoite surface protein 1 (MSP-1) from Plasmodium falciparum, alternative conformation 5
要素
  • (Merozoite surface antigens) x 2
  • Merozoite surface protein 1
  • Merozoite surface protein-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Merozoite surface protein 1 / malaria / Plasmodium falciparum / MSP-1 / p190 / GPI-anchored membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Merozoite surface 1, C-terminal / Merozoite surface protein, EGF domain 1 / Merozoite surface protein 1 (MSP1) C-terminus / MSP1 EGF domain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Merozoite surface protein 1 / Merozoite surface protein 1 / Merozoite surface protein 1 / Merozoite surface protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Dijkman, P.M. / Kudryashev, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt FoundationSofja Kovalevskaja Award to Mikhail Kudryashev ドイツ
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure of the merozoite surface protein 1 from .
著者: Patricia M Dijkman / Tanja Marzluf / Yingyi Zhang / Shih-Ying Scott Chang / Dominic Helm / Michael Lanzer / Hermann Bujard / Mikhail Kudryashev /
要旨: The merozoite surface protein 1 (MSP-1) is the most abundant protein on the surface of the erythrocyte-invading merozoite, the causative agent of malaria. MSP-1 is essential for merozoite formation, ...The merozoite surface protein 1 (MSP-1) is the most abundant protein on the surface of the erythrocyte-invading merozoite, the causative agent of malaria. MSP-1 is essential for merozoite formation, entry into and escape from erythrocytes, and is a promising vaccine candidate. Here, we present monomeric and dimeric structures of full-length MSP-1. MSP-1 adopts an unusual fold with a large central cavity. Its fold includes several coiled-coils and shows structural homology to proteins associated with membrane and cytoskeleton interactions. MSP-1 formed dimers through these domains in a concentration-dependent manner. Dimerization is affected by the presence of the erythrocyte cytoskeleton protein spectrin, which may compete for the dimerization interface. Our work provides structural insights into the possible mode of interaction of MSP-1 with erythrocytes and establishes a framework for future investigations into the role of MSP-1 in infection and immunity.
#1: ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure of the merozoite surface protein 1 from Plasmodium falciparum
著者: Dijkman, P.M. / Marzluf, T. / Zhang, Y. / Chang, S.Y.S. / Helm, D. / Lanzer, M. / Bujard, H. / Kudryashev, M.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11155
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Merozoite surface antigens
B: Merozoite surface antigens
C: Merozoite surface protein-1
D: Merozoite surface protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,6254
ポリマ－191,6254
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18420 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area64390 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Merozoite surface antigens / Merozoite surface protein 1 / PMMSA


分子量: 81773.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Subunit of the MSP-1 complex
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: gp190/ MSA1/ MSP1/ PMMSA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q25922
#2: タンパク質 Merozoite surface antigens / Merozoite surface protein 1 / PMMSA


分子量: 20217.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Subunit of the MSP-1 complex
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: msp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1V901
#3: タンパク質 Merozoite surface protein-1


分子量: 46390.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Subunit of the MSP-1 complex
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: msp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1VNZ6
#4: タンパク質 Merozoite surface protein 1


分子量: 43243.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Subunit of the MSP-1 complex
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: msp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4PDY5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Merozoite surface protein 1 (MSP-1) / タイプ: COMPLEX
詳細: Heteromeric assembly of p83/30 fusion and p38/42 fusion of MSP-1 from Plasmodium falciparum (monomer), processed with SUB-1 protease into the MSP-1 complex composed of the subunits p83, p30, p38, and p42
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Heteromeric assembly of p83/30 fusion and p38/42 fusion of MSP-1 from Plasmodium falciparum (monomer), processed with SUB-1 protease into the MSP-1 complex composed of the subunits p83, p30, p38, and p42
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 2.5 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75620 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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