PDB-6zb3: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH GSK620

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zb3

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH GSK620

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.419 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: The Optimization of a Novel, Weak Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Bromodomain Fragment Ligand to a Potent and Selective Second Bromodomain (BD2) Inhibitor.
著者: Seal, J.T. / Atkinson, S.J. / Aylott, H. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Copley, R.C.B. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Hayhow, T.G. / Lindon, M. / Messenger, C. ...

履歴

登録	2020年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zb3.cif.gz	69.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zb3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zb3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zb0C 6zb1C 6zb2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kef-d 6ft3-d 5wma-d 6yqz-d 4meo-d 6uvj-d 6fo5-d 5z8r-d 4cfk-d 5hq5-d 4cl9-d 5f62-d 5n16-3 5d3t-d 4mr4-d 5ad2-2 5i88-d 7khl-2 6g0f-d 6zf9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.092, 44.337, 78.448
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-QCZ / ~{N}5-cyclopropyl-~{N}3-methyl-2-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)pyridine-3,5-dicarboxamide 分子量: 325.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30%w/v PEG3350, 0.1M NaAc, 0.1M MES, pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9626 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9626 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.419→78.448 Å / Num. all: 24339 / Num. obs: 24339 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.9 % / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.066 / R_sym value: 0.055 / Net I/av σ(I): 7 / Net I/σ(I): 21.4 / Num. measured all: 144211

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.42-1.5	4	0.108	6.6	11379	2867	0.067	0.139	0.108	7.7	80.3
1.5-1.59	5.5	0.096	7.2	18341	3332	0.048	0.116	0.096	11.6	97.7
1.59-1.7	6.6	0.086	7.6	21258	3237	0.039	0.101	0.086	15.7	100
1.7-1.83	6.3	0.073	8.9	18901	2995	0.034	0.087	0.073	18.4	99.8
1.83-2.01	6.5	0.064	9.8	18255	2791	0.03	0.077	0.064	23.8	99.8
2.01-2.24	6.2	0.056	10.6	15780	2533	0.027	0.068	0.056	27.9	99.8
2.24-2.59	6.4	0.055	10.6	14343	2238	0.025	0.065	0.055	30.9	99.7
2.59-3.17	6.1	0.051	11.2	11842	1931	0.024	0.061	0.051	33.2	99.7
3.17-4.49	5.9	0.049	11.6	8917	1511	0.024	0.059	0.049	35.3	99.5
4.49-78.448	5.7	0.047	11.2	5195	904	0.022	0.056	0.047	34.4	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house structure

解像度: 1.419→38.599 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 1.8 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1816	1244	5.122 %
R_work	0.1631	23044	-
all	0.164	-	-
obs	-	24288	96.381 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.102 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.232 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.419→38.599 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1062	0	48	243	1353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.206	1.663	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.264	1.598	2546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.803	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.82	25.172	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.467	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.252	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	967
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.095	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.683	1.298	524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.682	1.292	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.205	2.903	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.204	2.914	657
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.866	1.497	650
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.865	1.498	651
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.453	3.236	931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.452	3.238	932
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.019	13.831	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.018	13.839	1449

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.419-1.455	0.157	74	0.177	1247	0.176	1809	0.962	0.955	73.0238	0.158
1.455-1.495	0.214	77	0.172	1467	0.174	1809	0.948	0.954	85.351	0.154
1.495-1.539	0.161	89	0.177	1560	0.176	1736	0.956	0.953	94.9885	0.159
1.539-1.586	0.209	99	0.172	1577	0.174	1679	0.945	0.955	99.8213	0.157
1.586-1.638	0.218	76	0.167	1563	0.169	1639	0.941	0.961	100	0.154
1.638-1.695	0.172	82	0.168	1510	0.168	1593	0.963	0.96	99.9372	0.157
1.695-1.759	0.197	76	0.173	1446	0.175	1525	0.952	0.956	99.8033	0.166
1.759-1.831	0.204	93	0.168	1374	0.171	1474	0.95	0.96	99.5251	0.164
1.831-1.912	0.175	72	0.16	1354	0.161	1428	0.962	0.964	99.8599	0.16
1.912-2.005	0.168	62	0.161	1293	0.161	1362	0.967	0.966	99.486	0.165
2.005-2.113	0.216	69	0.158	1232	0.161	1305	0.955	0.97	99.6935	0.168
2.113-2.241	0.142	58	0.147	1167	0.146	1229	0.977	0.972	99.6745	0.159
2.241-2.395	0.167	58	0.161	1094	0.161	1155	0.97	0.967	99.7403	0.178
2.395-2.586	0.163	55	0.165	1030	0.165	1092	0.962	0.964	99.359	0.187
2.586-2.832	0.209	51	0.162	950	0.164	1010	0.947	0.962	99.1089	0.189
2.832-3.164	0.194	53	0.157	870	0.159	924	0.956	0.964	99.8918	0.184
3.164-3.649	0.149	31	0.154	779	0.154	815	0.975	0.97	99.3865	0.186
3.649-4.459	0.17	37	0.144	661	0.146	706	0.975	0.976	98.8669	0.187
4.459-6.265	0.18	19	0.184	543	0.184	564	0.961	0.964	99.6454	0.248
6.265-38.599	0.222	13	0.193	327	0.195	345	0.969	0.962	98.5507	0.267

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.3466 Å / Origin y: 40.931 Å / Origin z: 8.5972 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0022 Å²	0.0018 Å²	0.0023 Å²	-	0.0017 Å²	0.0008 Å²	-	-	0.0237 Å²
L	0.0217 °²	0.0106 °²	-0.0768 °²	-	0.3101 °²	-0.0289 °²	-	-	0.3682 °²
S	-0.0038 Å °	-0.0034 Å °	0.0131 Å °	0.0061 Å °	0.0116 Å °	0.0016 Å °	0.0248 Å °	0.02 Å °	-0.0078 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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