PDB-6zb1: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH GSK620

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zb1

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH GSK620

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: The Optimization of a Novel, Weak Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Bromodomain Fragment Ligand to a Potent and Selective Second Bromodomain (BD2) Inhibitor.
著者: Seal, J.T. / Atkinson, S.J. / Aylott, H. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Copley, R.C.B. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Hayhow, T.G. / Lindon, M. / Messenger, C. ...

履歴

登録	2020年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zb1.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zb1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zb1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zb1_validation.pdf.gz	761.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zb1_full_validation.pdf.gz	762.3 KB	表示
XML形式データ	6zb1_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	6zb1_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zb1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zb0C 6zb2C 6zb3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nq9-d 6ko2-d 5dw1-2 6gok-2 5nvo-2 7nq8-d 6r3e-1 5jwm-1 1izp-d 6swp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.428, 71.855, 31.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-QCZ / ~{N}5-cyclopropyl-~{N}3-methyl-2-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)pyridine-3,5-dicarboxamide 分子量: 325.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→71.86 Å / Num. obs: 1588 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.017 / Net I/σ(I): 42
反射シェル	解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Mean I/σ(I) obs: 12.3 / Num. unique obs: 1950 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house structure

解像度: 1.6→35.953 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 2.554 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1852	805	5.082 %
R_work	0.154	15036	-
all	0.156	-	-
obs	-	15841	94.999 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.918 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.142 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.332 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	919	0	32	199	1150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.207	1.65	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.349	1.622	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.837	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.946	21.207	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.773	15	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.347	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	789
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.281	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.828	1.29	462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.811	1.283	461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.433	2.879	581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.435	2.889	582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.902	1.443	548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.901	1.444	549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.562	3.132	776
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.561	3.133	777
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.224	13.421	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.222	13.426	1268

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.638	0.204	40	0.184	861	X-RAY DIFFRACTION	75.3344
1.638-1.683	0.189	47	0.167	1001	X-RAY DIFFRACTION	88.4388
1.683-1.732	0.203	65	0.155	978	X-RAY DIFFRACTION	93.2082
1.732-1.785	0.222	49	0.157	1030	X-RAY DIFFRACTION	95.9111
1.785-1.843	0.2	52	0.154	996	X-RAY DIFFRACTION	96.4121
1.843-1.908	0.185	47	0.156	964	X-RAY DIFFRACTION	96.8391
1.908-1.98	0.157	52	0.148	944	X-RAY DIFFRACTION	97.3607
1.98-2.06	0.141	52	0.14	897	X-RAY DIFFRACTION	97.5334
2.06-2.152	0.198	47	0.144	885	X-RAY DIFFRACTION	98.1053
2.152-2.256	0.141	38	0.139	833	X-RAY DIFFRACTION	97.3184
2.256-2.378	0.176	49	0.143	803	X-RAY DIFFRACTION	98.9547
2.378-2.522	0.183	43	0.149	742	X-RAY DIFFRACTION	97.8803
2.522-2.695	0.195	50	0.144	727	X-RAY DIFFRACTION	98.4791
2.695-2.91	0.198	39	0.148	680	X-RAY DIFFRACTION	98.8996
2.91-3.187	0.187	32	0.162	623	X-RAY DIFFRACTION	99.0923
3.187-3.56	0.209	28	0.142	580	X-RAY DIFFRACTION	99.1843
3.56-4.106	0.166	22	0.157	515	X-RAY DIFFRACTION	98.5321
4.106-5.017	0.172	24	0.161	429	X-RAY DIFFRACTION	97.8402
5.017-7.046	0.237	20	0.194	346	X-RAY DIFFRACTION	97.6
7.046-35.953	0.225	9	0.212	202	X-RAY DIFFRACTION	87.1901

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.2825 Å / Origin y: 3.0094 Å / Origin z: 0.8936 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0018 Å²	-0.0013 Å²	0.0017 Å²	-	0.0033 Å²	-0.0027 Å²	-	-	0.0036 Å²
L	0.339 °²	-0.2651 °²	0.0493 °²	-	0.9052 °²	-0.1555 °²	-	-	0.1542 °²
S	-0.0094 Å °	-0.0168 Å °	-0.0026 Å °	-0.0194 Å °	0.0304 Å °	-0.0032 Å °	-0.0053 Å °	0.011 Å °	-0.0209 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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