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- PDB-6zau: Damage-free nitrite-bound copper nitrite reductase from Bradyrhiz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zau
タイトルDamage-free nitrite-bound copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS 375 (two-domain) determined by serial femtosecond rotation crystallography
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitrite reductase / copper nitrite reductase / copper-containing nitrite reductase / BrNiR / Br2dNiR / substrate-bound / nitrite-bound / damage-free / XFEL
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / COPPER (II) ION / NITRIC OXIDE / NITRITE ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium sp. (根粒菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Rose, S.L. / Antonyuk, S.V. / Sasaki, D. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Ago, H. / Eady, R.R. / Tosha, T. / Yamamoto, M. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N013972/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: An unprecedented insight into the catalytic mechanism of copper nitrite reductase from atomic-resolution and damage-free structures.
著者: Rose, S.L. / Antonyuk, S.V. / Sasaki, D. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ueno, G. / Ago, H. / Eady, R.R. / Tosha, T. / Yamamoto, M. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,89518
ポリマ－38,0871
非ポリマー1,80817
水7,819434
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,68654
ポリマ－114,2613
非ポリマー5,42551
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area25500 Å2
ΔGint-354 kcal/mol
Surface area34610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.950, 106.950, 106.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-900-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase


分子量: 38086.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (strain ORS 375) (根粒菌)
株: ORS 375 / 遺伝子: nirK, BRAO375_4030011 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H0SLX7, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 449分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#7: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: blue cubes
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6/1.8 M (NH4)2SO4 and 50mM HEPES buffer pH 5/ pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.2398 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→75.63 Å / Num. obs: 99872 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 73.4 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / CC1/2: 0.951 / R split: 0.163 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 12315 / CC1/2: 0.016 / R split: 1.126 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
CrystFELデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6THF

6thf


解像度: 1.3→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.864 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2061 5033 5 %RANDOM
Rwork0.1558 ---
obs0.1583 99687 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.76 Å2 / Biso mean: 22.613 Å2 / Biso min: 10.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2662 0 103 459 3224
Biso mean--40.15 37.35 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0133061
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9031.6694185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5141.596424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3615393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63123.02149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.40215484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8141514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02615
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.33335808
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 367 -
Rwork0.303 6906 -
all-7273 -
obs--99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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