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- PDB-6zab: Structure of the transcriptional repressor Atu1419 (VanR) from ag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zab
タイトルStructure of the transcriptional repressor Atu1419 (VanR) from agrobacterium fabrum in complex a palindromic DNA (P6422 space group)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*T)-3')
  • Transcriptional regulator, GntR family
キーワードTRANSCRIPTION / repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GntR ligand-binding domain-like / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...GntR ligand-binding domain-like / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / Transcriptional regulator, GntR family
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Morera, S. / Naretto, A. / Vigouroux, A. / Legrand, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Characterization of the first tetrameric transcription factor of the GntR superfamily with allosteric regulation from the bacterial pathogen Agrobacterium fabrum.
著者: Vigouroux, A. / Meyer, T. / Naretto, A. / Legrand, P. / Aumont-Nicaise, M. / Di Cicco, A. / Renoud, S. / Dore, J. / Levy, D. / Vial, L. / Lavire, C. / Morera, S.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, GntR family
B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8766
ポリマ－30,4502
非ポリマー4264
水41423
1
A: Transcriptional regulator, GntR family
B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*T)-3')
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, GntR family
B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,75212
ポリマ－60,9004
非ポリマー8518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/31
Buried area7220 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area23040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.180, 179.180, 96.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, GntR family


分子量: 27407.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu1419 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CJ36
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*T)-3')


分子量: 3043.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 27分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: Terbutanol, Na-citrate, MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.61 Å / Num. obs: 23104 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 101.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Num. unique obs: 1635 / CC1/2: 0.388

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z74

6z74


解像度: 2.8→45.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.304 / SU Rfree Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.222
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 817 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.189 16349 70.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 222 Å2 / Biso mean: 83.94 Å2 / Biso min: 18.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9199 Å20 Å20 Å2
2--0.9199 Å20 Å2
3----1.8398 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1821 202 25 23 2071
Biso mean--111.22 55.67 -
残基数----249
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d737SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes345HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2107HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion273SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2468SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2107HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2883HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.46
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 40
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3083 19 4.65 %
Rwork0.2596 390 -
all0.2618 409 -
obs--16.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34490.83591.27321.00640.84533.53340.0010.2948-0.53010.01880.0851-0.17030.4430.3212-0.0862-0.2423-0.10190.0989-0.1361-0.03580.264-26.12870.5865-18.0204
28.87350.7898-3.31353.9051-0.08178.31550.23440.0738-0.6649-0.4387-0.08910.1970.1306-0.0218-0.1453-0.1850.0587-0.1559-0.0468-0.02660.047-6.087590.4291-9.4147
33.3586-2.0028-2.61846.9864-1.28564.30590.2061-0.26350.62290.24310.002-0.2688-0.25860.4283-0.2081-0.1208-0.07280.05510.1471-0.0998-0.12232.6567104.2834-15.6354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|73 - 502 }A73 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|6 - 72 }A6 - 72
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|* }B1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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