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- PDB-6z9l: Enterococcal PrgA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z9l
タイトルEnterococcal PrgA
要素
  • Poly-alanine peptide
  • PrgA
キーワードCELL ADHESION / Protease domain / CAP domain / coiled-coil
機能・相同性SEC10/PgrA surface exclusion domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / membrane / PrgA
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.063 Å
データ登録者Berntsson, R.P.A. / Schmitt, A.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-03599 スウェーデン
Other privateJCK-1524 スウェーデン
Other privateSMK-1869 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Enterococcal PrgA Extends Far Outside the Cell and Provides Surface Exclusion to Protect against Unwanted Conjugation.
著者: Schmitt, A. / Hirt, H. / Jarva, M.A. / Sun, W.S. / Ter Beek, J. / Dunny, G.M. / Berntsson, R.P.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrgA
F: Poly-alanine peptide
G: Poly-alanine peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,91017
ポリマ－88,5663
非ポリマー1,34514
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area49570 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)126.356, 126.356, 293.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 PrgA


分子量: 87250.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: prgA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04111
#2: タンパク質・ペプチド Poly-alanine peptide


分子量: 657.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 37.5% (v/v) PEG400, 0.1 M Tris/HCl (pH 8.5), 0.114 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976247 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976247 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→49.107 Å / Num. obs: 45500 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.682 % / Biso Wilson estimate: 102.72 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.255 / Rrim(I) all: 0.266 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 8.56 / Num. measured all: 577045
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.06-3.2511.2212.5880.7579085724970480.3422.7197.2
3.25-3.4713.731.741.4593131678467830.5891.807100
3.47-3.7512.8730.912.9581884636163610.8520.949100
3.75-4.113.1050.4526.477322590059000.9680.471100
4.1-4.5812.7620.26810.368239534853470.9860.279100
4.58-5.2812.9580.1813.261760476747660.9950.188100
5.28-6.4512.5920.20912.0451440408540850.9890.218100
6.45-9.0512.6630.09824.6941105324732460.9980.102100
9.05-49.10711.7510.06235.8523079198619640.9980.06598.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z9K

6z9k


解像度: 3.063→49.107 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3182 2099 4.62 %
Rwork0.2865 43374 -
obs0.2879 45473 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 598.68 Å2 / Biso mean: 134.9054 Å2 / Biso min: 32.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.063→49.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5878 0 70 0 5948
Biso mean--166.7 --
残基数----762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5768044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033920
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7933771
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.063-3.13410.40011280.4291265693
3.1341-3.21250.42741380.41622851100
3.2125-3.29930.36921380.39562839100
3.2993-3.39640.33751380.37192869100
3.3964-3.5060.39411390.37152874100
3.506-3.63120.38861380.34852847100
3.6312-3.77660.31741390.31752871100
3.7766-3.94840.31551400.2772886100
3.9484-4.15640.27451380.25622881100
4.1564-4.41670.28981400.24782883100
4.4167-4.75750.30491400.25952902100
4.7575-5.23570.3091420.26432930100
5.2357-5.99220.39891430.31642944100
5.9922-7.54510.31961440.29142984100
7.5451-49.1070.27561540.24163157100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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