PDB-6z8p: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH GSK973

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z8p

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH GSK973

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: GSK973 Is an Inhibitor of the Second Bromodomains (BD2s) of the Bromodomain and Extra-Terminal (BET) Family.
著者: Preston, A. / Atkinson, S.J. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Gordon, L.J. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Lewis, A.J. / Lugo, D. / Messenger, C. / Michon, A.M. / Mitchell, D.J. ...

履歴

登録	2020年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z8p.cif.gz	47.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z8p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z8p_validation.pdf.gz	945.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z8p_full_validation.pdf.gz	945.9 KB	表示
XML形式データ	6z8p_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	6z8p_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6z7f-d 5h6y-d 4nyv-4 1e6i-d 3i3j-11 5ktw-2 6zb2-d 6nez-3 3p1d-1 5mqe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.877, 52.473, 32.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₄O₆
#4: 化合物	ChemComp-QC8 / (2~{S},3~{S})-2-(fluoranylmethyl)-~{N}7-methyl-~{N}5-[(1~{R},5~{S})-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-3-phenyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-5,7-dicarboxamide 分子量: 410.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₃FN₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→42.38 Å / Num. obs: 16200 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 31.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 1479 / % possible all: 52.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house model

解像度: 1.55→42.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 1.406 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1947	769	4.768 %
R_work	0.1648	15359	-
all	0.166	-	-
obs	-	16128	88.223 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.837 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.008 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	926	0	56	228	1210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.163	1.659	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.245	1.625	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.646	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.594	21.607	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.856	15	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.771	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.136	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.091	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.169	2.292	466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.145	2.282	465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.037	5.122	586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.04	5.136	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.453	2.592	570
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.451	2.592	571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.462	5.578	802
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.461	5.579	803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.921	23.535	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.919	23.528	1295

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.549-1.589	0.232	24	0.256	539	0.255	1317	0.892	0.908	42.7487	0.222
1.589-1.633	0.194	30	0.217	693	0.216	1285	0.928	0.917	56.2646	0.183
1.633-1.68	0.25	38	0.209	879	0.21	1264	0.899	0.925	72.5475	0.168
1.68-1.732	0.169	47	0.175	1019	0.175	1200	0.951	0.954	88.8333	0.147
1.732-1.789	0.239	59	0.188	1085	0.19	1211	0.938	0.95	94.4674	0.158
1.789-1.851	0.177	57	0.169	1051	0.169	1141	0.953	0.957	97.1078	0.144
1.851-1.921	0.205	65	0.169	1018	0.171	1116	0.949	0.961	97.043	0.148
1.921-1.999	0.194	49	0.159	1002	0.16	1073	0.966	0.972	97.9497	0.142
1.999-2.088	0.15	38	0.163	942	0.162	1011	0.976	0.972	96.9337	0.15
2.088-2.19	0.152	34	0.157	947	0.157	1004	0.972	0.973	97.7092	0.14
2.19-2.308	0.169	41	0.148	890	0.148	946	0.964	0.973	98.4144	0.131
2.308-2.447	0.175	43	0.149	841	0.15	899	0.961	0.971	98.3315	0.135
2.447-2.616	0.202	38	0.15	795	0.152	841	0.96	0.97	99.0488	0.136
2.616-2.824	0.165	35	0.151	731	0.152	778	0.968	0.966	98.4576	0.138
2.824-3.092	0.175	51	0.153	678	0.154	736	0.963	0.967	99.0489	0.146
3.092-3.455	0.188	31	0.165	635	0.166	674	0.961	0.965	98.8131	0.159
3.455-3.985	0.242	31	0.162	555	0.166	599	0.939	0.965	97.8297	0.165
3.985-4.87	0.221	24	0.15	465	0.154	511	0.958	0.969	95.6947	0.168
4.87-6.842	0.272	22	0.184	383	0.188	417	0.942	0.962	97.1223	0.203
6.842-42.381	0.184	12	0.207	211	0.205	255	0.973	0.956	87.451	0.225

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関連情報:EMDBヘッダ

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