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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z7n | |||||||||||||||
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タイトル | The atomic structure of HAdV-F41 at pH 7.4 | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / HAdV-F41 / virion / icosahedral | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / virion component => GO:0044423 / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / virion component => GO:0044423 / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Carlson, L.-A. / Rafie, K. | |||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 4件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: The structure of enteric human adenovirus 41-A leading cause of diarrhea in children. 著者: K Rafie / A Lenman / J Fuchs / A Rajan / N Arnberg / L-A Carlson / 要旨: Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and ...Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and pathogenicity from respiratory and ocular adenoviruses, but the structural basis for this divergence has been unknown. Here, we present the first structure of an enteric HAdV-HAdV-F41-determined by cryo-electron microscopy to a resolution of 3.8 Å. The structure reveals extensive alterations to the virion exterior as compared to nonenteric HAdVs, including a unique arrangement of capsid protein IX. The structure also provides new insights into conserved aspects of HAdV architecture such as a proposed location of core protein V, which links the viral DNA to the capsid, and assembly-induced conformational changes in the penton base protein. Our findings provide the structural basis for adaptation of enteric HAdVs to a fundamentally different tissue tropism. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z7n.cif.gz | 2.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z7n.ent.gz | 1.7 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z7n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
-タンパク質 , 5種, 28分子 0123456789ABCDEFGHIJKLMNPQRS
#1: タンパク質 | 分子量: 29170.145 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) 細胞株: A549 / 参照: UniProt: P16139 #2: タンパク質 | 分子量: 104064.234 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) 細胞株: A549 / 参照: UniProt: P11820 #3: タンパク質 | | 分子量: 57142.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) 細胞株: A549 / 参照: UniProt: Q9QAH8 #4: タンパク質 | | 分子量: 39843.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) 細胞株: A549 / 参照: UniProt: B5SNS2 #6: タンパク質 | 分子量: 13617.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) 細胞株: A549 / 参照: UniProt: B5SNR3, UniProt: P32539*PLUS |
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-Pre-hexon-linking protein ... , 2種, 3分子 OTU
#5: タンパク質 | 分子量: 64825.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) 細胞株: A549 / 参照: UniProt: Q67716 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 25330.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) 細胞株: A549 / 参照: UniProt: P11822 |
-タンパク質・ペプチド , 3種, 5分子 XWVZY
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 899.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: belongs to one of the two fibre proteins: P14267 or P16883 由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) 細胞株: A549 | ||
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#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 869.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) 細胞株: A549 #10: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) 細胞株: A549 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human adenovirus 41 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞: Sf9 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
ウイルス殻 | 直径: 900 nm |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: PBS buffer made from comemrcial PBS tablets Medicargo, PBS tablets, 09-9400-100 |
試料 | 濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.03 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6929 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3845: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 25667 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19472 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5TX1 Accession code: 5TX1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.77 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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