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- PDB-6z7f: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-(2-(1H-imidazol-4-yl)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z7f
タイトルC-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N-(2-(1H-imidazol-4-yl)ethyl)-4-acetamido-3-(benzyloxy)benzamide
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-QB5 / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.605 Å
データ登録者Chung, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Design and Synthesis of a Highly Selective andIn Vivo-Capable Inhibitor of the Second Bromodomain of the Bromodomain and Extra Terminal Domain Family of Proteins.
著者: Preston, A. / Atkinson, S. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Jones, E.J. / Lindon, M. / Michon, A.M. / Mitchell, D.J. / Prinjha, R.K. / ...著者: Preston, A. / Atkinson, S. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Jones, E.J. / Lindon, M. / Michon, A.M. / Mitchell, D.J. / Prinjha, R.K. / Rianjongdee, F. / Rioja, I. / Seal, J. / Taylor, S. / Wall, I. / Watson, R.J. / Woolven, J. / Demont, E.H.
履歴
登録2020年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1476
ポリマ－13,4321
非ポリマー7155
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area7110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.718, 52.618, 32.017
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-QB5 / N-(2-(1H-imidazol-4-yl)ethyl)-4-acetamido-3-(benzyloxy)benzamide / 4-acetamido-~{N}-[2-(1~{H}-imidazol-4-yl)ethyl]-3-phenylmethoxy-benzamide


分子量: 378.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG300, 0.1M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→71.72 Å / Num. obs: 15744 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.021 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique obs: 1885 / % possible all: 81.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.605→26.309 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.41 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 784 5.014 %
Rwork0.1523 14852 -
all0.154 --
obs-15636 94.971 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.763 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.033 Å20 Å20 Å2
2--0.076 Å2-0 Å2
3----0.043 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.605→26.309 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数923 0 50 227 1200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0131077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1591.6351441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2311.6532321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7625121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.62621.20758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2115186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.21158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1590.2815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1020.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1470.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1420.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0780.239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8861.645472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8061.637471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.493.696597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4983.708598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2832.079605
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2822.079605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1954.445844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1944.453845
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.40218.4451352
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.418.451353
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.605-1.6470.274430.2218210.22411740.8640.89573.59450.182
1.647-1.6910.216530.2019610.20111720.9220.93386.51880.16
1.691-1.740.162640.1689770.16811190.9660.95993.02950.135
1.74-1.7940.184530.16710320.16811150.9590.95997.30940.135
1.794-1.8520.209470.1599980.16110520.9550.96299.33460.129
1.852-1.9170.199440.1619840.16310340.950.96199.41970.135
1.917-1.9890.174520.1539410.1549990.9650.96799.39940.132
1.989-2.070.208500.1399060.1429600.9610.97299.58330.121
2.07-2.1610.135430.148680.149220.9790.97598.80690.123
2.161-2.2660.226470.1348320.1388910.9440.97298.65320.116
2.266-2.3870.179470.147880.1428540.9580.97197.77520.125
2.387-2.5310.172410.1417480.1438010.9670.97298.50190.13
2.531-2.7040.186420.146990.1437570.9640.97697.88640.126
2.704-2.9180.149270.1376830.1377290.9760.97997.39370.128
2.918-3.1920.105250.1386070.1376510.9880.97897.08140.13
3.192-3.5630.12300.1355560.1346110.9810.97995.90830.134
3.563-4.1010.226280.1474920.155380.940.97696.65430.151
4.101-4.9930.192210.1484210.154580.9560.97596.50650.161
4.993-6.9370.165160.1933380.1913790.9730.95793.40370.199
6.937-26.3090.297110.2291990.2322410.9370.94987.13690.256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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