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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z71 | ||||||
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タイトル | Structure of the MATE family multidrug resistance transporter Aq_128 from Aquifex aeolicus in the outward-facing state | ||||||
![]() | Aq128 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / MATE class transporter | ||||||
機能・相同性 | : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / plasma membrane / Multidrug-efflux transporter![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, J. / Safarian, S. / Thielmann, Y. / Xie, H. / Wang, J. / Michel, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of the Aquifex aeolicus MATE family multidrug resistance transporter and sequence comparisons suggest the existence of a new subfamily. 著者: Zhao, J. / Xie, H. / Mehdipour, A.R. / Safarian, S. / Ermler, U. / Munke, C. / Thielmann, Y. / Hummer, G. / Ebersberger, I. / Wang, J. / Michel, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55567.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aq_128 / 細胞株 (発現宿主): Top10 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES 0.1 M Magnesium chloride 0.1 M Sodium chloride 30% PEG 600 (v/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.81517 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→19.978 Å / Num. obs: 14759 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1453 / CC1/2: 0.618 / Rpim(I) all: 0.516 / Rrim(I) all: 0.989 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6FV6 解像度: 3.5→19.978 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 183.47 Å2 / Biso mean: 75.9581 Å2 / Biso min: 15.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.5→19.978 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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