PDB-6z6c: Crystal structurel of FleA lectin in complex with a monovalent in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z6c

タイトル

Crystal structurel of FleA lectin in complex with a monovalent inhibitor

要素

Fucose-specific lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / antiadhesive / fucose binding

機能・相同性

Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-Q9Q / Fucose-specific lectin

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Varrot, A.

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Hexavalent thiofucosides to probe the role of the Aspergillus fumigatus lectin FleA in fungal pathogenicity.
著者: Dussouy, C. / Lalys, P.A. / Cabanettes, A. / Lehot, V. / Deniaud, D. / Gillon, E. / Balloy, V. / Varrot, A. / Gouin, S.G.

履歴

登録	2020年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z6c.cif.gz	284 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z6c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ah4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d52-1 5h47-4 5h47-5 5f0z-d 5h47-1 4uou-3 5h47-8 4d52-2 4d52-4 5h47-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Fucose-specific lectin

BBB: Fucose-specific lectin

ヘテロ分子

74.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Fucose-specific lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Fucose-specific lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.117, 46.893, 80.173
Angle α, β, γ (deg.)	103.083, 98.536, 108.512
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB) / NCSアンサンブル: (詳細: Chains AAA BBB)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Fucose-specific lectin / Aspergillus fumigatus lectin / AFL 分子量: 34807.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: fleA, AFUA_5G14740 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q4WW81

-
非ポリマー , 5種, 726分子

#2: 化合物	ChemComp-Q9Q / 4-((1-(2-(2-(2-(2-hydroxyethoxy)ethoxy)ethoxy)ethyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy)benzyl-a-L-thiofucoside / (2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-2-[[4-[[1-[2-[2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxy]ethoxy]ethyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methoxy]p henyl]methylsulfanyl]-6-methyl-oxane-3,4,5-triol 分子量: 543.630 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₇N₃O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / Density meas: 2.2 Mg/m³ / 溶媒含有率: 44 % 解説: clusters of rod broken as single rod for data collection
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 50 mM L-Arginin, 50 mm L-Glutamate, 28% PEG Smear Broad and 5% glycerol (BCS screen 1-32)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→42.54 Å / Num. obs: 115240 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 5620 / CC_1/2: 0.0963 / R_pim(I) all: 0.236 / R_sym value: 0.388 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AH4

4ah4

解像度: 1.4→42.534 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / WR_factor R_free: 0.169 / WR_factor R_work: 0.124 / SU B: 2.115 / SU ML: 0.037 / Average fsc free: 0.9572 / Average fsc work: 0.9668 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1579	5702	4.951 %
R_work	0.1185	109477	-
all	0.12	-	-
obs	-	115179	99.132 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.957 Å²	-0.134 Å²	0.455 Å²
2-	-	-0.471 Å²	-0.199 Å²
3-	-	-	-0.277 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.534 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4909	0	184	713	5806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	5362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	4644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.82	1.681	7331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.565	1.611	10761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.476	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.277	22.288	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.691	15	749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.22	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	4466
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.123	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.104	1.734	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.098	1.733	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.398	2.616	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.399	2.616	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.891	2.019	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.891	2.019	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.358	2.932	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.357	2.932	4074
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.555	21.857	6170
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.377	21.165	5999
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.999	3	10006
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	10424

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.246	372	0.203	7933	0.205	8628	0.896	0.905	96.2564	0.194
1.436-1.476	0.219	395	0.176	7688	0.178	8363	0.925	0.937	96.6519	0.169
1.476-1.518	0.211	384	0.149	7540	0.152	8180	0.937	0.954	96.8704	0.141
1.518-1.565	0.192	398	0.132	7418	0.135	7907	0.952	0.964	98.8491	0.125
1.565-1.616	0.185	381	0.114	7295	0.118	7696	0.957	0.969	99.7401	0.109
1.616-1.673	0.176	360	0.105	7006	0.108	7376	0.959	0.974	99.8644	0.101
1.673-1.736	0.174	357	0.103	6793	0.107	7162	0.958	0.973	99.8325	0.1
1.736-1.807	0.155	375	0.094	6510	0.097	6889	0.97	0.978	99.9419	0.093
1.807-1.887	0.156	341	0.096	6219	0.099	6561	0.968	0.979	99.9848	0.097
1.887-1.979	0.168	341	0.106	5950	0.109	6293	0.965	0.977	99.9682	0.109
1.979-2.086	0.161	332	0.111	5654	0.114	5987	0.972	0.98	99.9833	0.115
2.086-2.212	0.166	262	0.111	5407	0.114	5670	0.97	0.982	99.9824	0.117
2.212-2.364	0.136	260	0.103	5108	0.104	5368	0.976	0.982	100	0.112
2.364-2.553	0.148	212	0.097	4725	0.099	4937	0.974	0.981	100	0.107
2.553-2.795	0.134	264	0.099	4329	0.101	4594	0.976	0.981	99.9782	0.112
2.795-3.124	0.134	204	0.113	3930	0.114	4134	0.976	0.978	100	0.132
3.124-3.604	0.143	186	0.112	3471	0.114	3657	0.974	0.98	100	0.133
3.604-4.406	0.133	132	0.114	2930	0.114	3062	0.978	0.982	100	0.141
4.406-6.198	0.163	91	0.156	2293	0.156	2384	0.982	0.982	100	0.187
6.198-42.534	0.239	55	0.211	1277	0.213	1336	0.952	0.958	99.7006	0.258

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