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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z4x
タイトルStructure of the CAK complex form Chaetomium thermophilum bound to ATP-gamma-S
要素
  • CYCLIN domain-containing protein
  • Protein kinase domain-containing protein
  • RING-type domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / CAK complex / Kinase / TFIIK / cell cycle / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / nucleotide-excision repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / Protein kinase domain-containing protein / Cyclin-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Peissert, S. / Kuper, J. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for CDK7 activation by MAT1 and Cyclin H.
著者: Peissert, S. / Schlosser, A. / Kendel, R. / Kuper, J. / Kisker, C.
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN domain-containing protein
B: Protein kinase domain-containing protein
C: RING-type domain-containing protein
D: CYCLIN domain-containing protein
E: Protein kinase domain-containing protein
F: RING-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,14911
ポリマ－208,0186
非ポリマー1,1315
水181
1
A: CYCLIN domain-containing protein
B: Protein kinase domain-containing protein
C: RING-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5926
ポリマ－104,0093
非ポリマー5833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: CYCLIN domain-containing protein
E: Protein kinase domain-containing protein
F: RING-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5575
ポリマ－104,0093
非ポリマー5482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.970, 84.903, 154.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.197, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "D" and (resid 5 through 262 or resid 312 through 390))
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2(chain "E" and (resid 78 through 399 or resid 401))
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3(chain "F" and resid 273 through 338)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILEGLYA1 - 312
d_21ens_1ILETYRE2 - 234
d_22ens_1SERGLYE236 - 314
d_11ens_2PROATGB - C1
d_21ens_2PROATGF - G2
d_11ens_3ASPGLYD1 - 66
d_21ens_3ASPGLYH2 - 67

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.344325020979, -0.00128179606267, 0.938849634887), (0.00216131308473, -0.999995335992, -0.00215794327688), (0.938848022128, 0.00277218186456, -0.344320644682)23.8424545036, -37.2871403617, -34.3964716033
2given(0.348177581782, -0.004100597676, 0.937419626765), (-0.00193781459456, -0.999991444486, -0.00365456290437), (0.93742659255, -0.00054410855946, -0.348182549141)23.9334040062, -37.6037803031, -34.6027180071
3given(0.342723324991, -0.00180448507186, 0.939434652512), (0.000577966524781, -0.999997560969, -0.0021316685247), (0.939436207766, 0.00127353430594, -0.342721446146)23.7135314248, -37.3829602162, -34.3915900966

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 CYCLIN domain-containing protein


分子量: 46931.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SH78
#2: タンパク質 Protein kinase domain-containing protein


分子量: 49133.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G0SFC6
#3: タンパク質 RING-type domain-containing protein


分子量: 7944.815 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SF48

-
非ポリマー , 4種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0-8.0, 0.2 M sodium formate, 15-22% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→46.65 Å / Num. obs: 29053 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 44.66 Å2 / CC1/2: 0.952 / Rmerge(I) obs: 0.277 / Rpim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.98→3.23 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.983 / Num. unique obs: 1703 / CC1/2: 0.409 / Rpim(I) all: 0.634 / % possible all: 67.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.18rc4_3812精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z3U

6z3u


解像度: 2.98→46.65 Å / SU ML: 0.3382 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8318
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 1468 5.05 %
Rwork0.2028 27581 -
obs0.2051 29049 61.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→46.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11376 0 65 1 11442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002311717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51315844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03981675
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00352044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.22954447
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.463092590069
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.377194529182
ens_3d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.452776748752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.98-3.090.3733330.331495X-RAY DIFFRACTION11.19
3.09-3.210.3352470.27211007X-RAY DIFFRACTION22.31
3.21-3.360.3156580.27651323X-RAY DIFFRACTION29.27
3.36-3.540.25870.25441752X-RAY DIFFRACTION38.85
3.54-3.760.28241320.24222513X-RAY DIFFRACTION55.81
3.76-4.050.26591750.22663136X-RAY DIFFRACTION70.09
4.05-4.450.25922020.18723937X-RAY DIFFRACTION87.12
4.45-5.10.2332350.17634367X-RAY DIFFRACTION96.86
5.1-6.420.23232560.20124491X-RAY DIFFRACTION99.04
6.42-46.650.21392430.1774560X-RAY DIFFRACTION98.28
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2012659556750.606085221018-0.779011638194.04499597363-2.169503646263.03893126709-0.1137268831730.389731251270.337185318784-0.619518257760.245533132206-0.03226364507510.0922758900544-0.976011692266-0.06903933948040.338574063850.1134628266210.06607551862010.9618352703410.2277182246040.493778839227-69.1522705925-22.54412386-23.1744275591
26.4934547021-5.248603147235.247675519824.43608233035-4.852005429727.035534548840.5849543645080.309995512945-0.853241204546-0.178227925144-0.1582857843840.3227076327770.108046923728-0.397432983698-0.233674192740.460146508647-0.1809437220450.01179005620630.8634688012520.2263475381990.582174429203-72.1922837431-41.5819875049-4.64723197278
30.9880818785230.286150708889-0.6468885970751.92648331668-0.2147789830091.71827294667-0.0434179695505-0.329721092348-0.376190768770.5605744747930.1694375910680.0677399890633-0.0845836108149-0.72292707391-0.1095478442890.4238200050760.009061003696430.1569288411310.5891278515220.1602979933210.330261768718-64.4620768675-27.72782770290.0401672799175
45.205321348270.808021683870.8125083462823.757550349891.881496328961.73621649310.366125337813-0.418377270864-0.1380294841870.777147815167-0.00574436730203-0.2151890608210.1149336298590.0174852377367-0.3177094067950.4819500700060.02622385285130.1729956739630.33325567950.1474319794070.312949154231-53.4978348337-25.2772064188-3.12962974105
51.7205718449-0.4578427736950.5274441033970.6422614582530.3408141627020.611413326985-0.07088119586680.05021905221910.8676382442070.00941075785985-0.1625911936590.301846055852-0.358100192212-0.336942947014-0.09881564004550.6671450933290.5258449104170.1883230377410.7785025613140.1358243797060.77819470468-72.5213673872-0.120008228634-12.6250016195
63.60916923533-1.30981838558-1.151158935411.828306029680.2109466264575.31459288135-0.148478785780.0300543794733-0.5180668034230.3168116042280.3768342728530.831445338629-0.534474674177-1.41349828616-0.1618100762130.3467373961770.09934761722930.1398998456060.8005569269060.1379396172380.489899770905-74.6401415671-14.7735181322-10.4830026298
71.06758955494-1.098381575191.602235367523.02227376989-0.5121125350933.106599562820.1196810421660.1729965927270.517371571182-0.03271138309960.0415055072090.8045279755570.0987693729592-0.878948077481-0.09507963968890.3371611805110.1420397880160.04453132767691.22784213190.2779030047180.91754699712-79.9687081212-13.1973148344-8.43671708904
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精密化 TLSグループ

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+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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