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- PDB-6z4l: A4V mutant of human SOD1 bound with 2-(pyridin-3-ylmethyl)benzois... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z4l
タイトルA4V mutant of human SOD1 bound with 2-(pyridin-3-ylmethyl)benzoisoselenazolone derivative 9 in P21 space group
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / SOD1 / ebselen / Motor neuron disease
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / regulation of organ growth / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / retrograde axonal transport / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / regulation of organ growth / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / retrograde axonal transport / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / myeloid cell homeostasis / regulation of GTPase activity / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / superoxide dismutase / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / ectopic germ cell programmed cell death / regulation of multicellular organism growth / neuronal action potential / response to axon injury / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / determination of adult lifespan / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / sensory perception of sound / placenta development / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / small GTPase binding / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / gene expression / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-(pyridin-3-ylmethyl)-2-selanyl-benzamide / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Amporndanai, K. / Hasnain, S.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateWA1128 米国
引用ジャーナル: Ebiomedicine / 年: 2020
タイトル: Novel Selenium-based compounds with therapeutic potential for SOD1-linked amyotrophic lateral sclerosis.
著者: Amporndanai, K. / Rogers, M. / Watanabe, S. / Yamanaka, K. / O'Neill, P.M. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
BBB: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,84311
ポリマ－31,7112
非ポリマー1,1329
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area13940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.930, 67.490, 50.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 15855.613 Da / 分子数: 2 / 変異: A4V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: pET303C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-Q8H / ~{N}-(pyridin-3-ylmethyl)-2-selanyl-benzamide


分子量: 291.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N2OSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 100mM NaOAc pH 4.7, 150mM NaCl, 2.7M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→34.69 Å / Num. obs: 38401 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.797 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4886 / CC1/2: 0.745 / Rpim(I) all: 0.424 / Rrim(I) all: 0.631 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UXM

1uxm


解像度: 1.6→34.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.849 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2081 1614 5.019 %
Rwork0.1819 30542 -
all0.183 --
obs-32156 96.353 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.531 Å20 Å20.522 Å2
2---1.918 Å20 Å2
3---0.073 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2221 0 53 232 2506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0122355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7541.6423186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2385316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12724.476105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50315379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.29158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21557
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0920.262
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1260.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2650.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.230.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7231.7681249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4412.6531569
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2752.1351106
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7993.0451616
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.15935.29410281
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.130.054449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.2621200.2232215X-RAY DIFFRACTION94.1532
1.642-1.6860.2421040.2142168X-RAY DIFFRACTION95.1822
1.686-1.7350.271090.2112103X-RAY DIFFRACTION95.3448
1.735-1.7890.1851060.2012043X-RAY DIFFRACTION95.4263
1.789-1.8470.2121170.1871992X-RAY DIFFRACTION95.5163
1.847-1.9120.199910.1651920X-RAY DIFFRACTION95.8075
1.912-1.9840.1771050.1691867X-RAY DIFFRACTION96.3361
1.984-2.0650.206930.1791822X-RAY DIFFRACTION95.9419
2.065-2.1570.19940.1761722X-RAY DIFFRACTION96.7501
2.157-2.2620.208830.1771666X-RAY DIFFRACTION96.9512
2.262-2.3840.187930.1791579X-RAY DIFFRACTION96.9275
2.384-2.5280.22810.181514X-RAY DIFFRACTION97.3748
2.528-2.7020.27650.1911418X-RAY DIFFRACTION97.1185
2.702-2.9180.236820.2061307X-RAY DIFFRACTION97.4737
2.918-3.1950.207750.1911233X-RAY DIFFRACTION98.051
3.195-3.570.209510.171119X-RAY DIFFRACTION98.1544
3.57-4.1190.183440.151991X-RAY DIFFRACTION98.384
4.119-5.0350.168500.147830X-RAY DIFFRACTION97.7778
5.035-7.0840.25310.202664X-RAY DIFFRACTION98.862
7.084-34.690.196200.231370X-RAY DIFFRACTION95.5882

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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