PDB-6z4e: The structure of the C-terminal domain of RssB from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z4e

タイトル

The structure of the C-terminal domain of RssB from E. coli

要素

Regulator of RpoS

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Regulation / Stress response

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist complex / phosphorelay response regulator activity / phosphorelay signal transduction system / positive regulation of proteolysis / protein destabilization / protein-DNA complex / regulation of gene expression / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zeth, K. / Dimce, M. / Terrence, D.M. / Schuenemann, V. / Dougan, D.

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Insight into the RssB-Mediated Recognition and Delivery of sigma s to the AAA+ Protease, ClpXP.
著者: Micevski, D. / Zeth, K. / Mulhern, T.D. / Schuenemann, V.J. / Zammit, J.E. / Truscott, K.N. / Dougan, D.A.

履歴

登録	2020年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z4e.cif.gz	103 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z4e.ent.gz	77.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/6z4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/6z4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z4cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xla-2 2xlg-1 2xl9-d 6qwn-2 6im1-1 6hox-d 3rbj-d 3obr-d 4beq-d 3obt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulator of RpoS

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Regulator of RpoS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
74.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.239, 56.239, 294.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-500- HOH

#1: タンパク質	Regulator of RpoS 分子量: 37338.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rssB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TCP2, UniProt: P0AEV1*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 18222 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1408 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2→37.533 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2425	912	5 %	RANDOM
R_work	0.2118	-	-	-
obs	0.2133	18222	91.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→37.533 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1615	0	0	144	1759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1686
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.63	2299
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.365	1400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	261
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	307

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0001-2.1055	0.3533	136	0.3072	2575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1055-2.2374	0.3774	120	0.2685	2274	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2374-2.4102	0.3106	89	0.2287	1699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4102-2.6527	0.2739	139	0.2229	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6527-3.0364	0.2518	141	0.2261	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0364-3.8249	0.2211	131	0.2035	2490	X-RAY DIFFRACTION	91
3.8249-37.53	0.2047	156	0.1865	2944	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.862	1.6593	-2.0903	5.6423	-2.921	3.5075	0.3318	-0.5908	0.1593	2.0418	-0.1129	-0.3592	-0.8098	0.0347	-0.0074	0.379	-0.0778	-0.0977	0.7134	-0.0301	0.3864	13.4837	20.1179	58.3486
2	2.4822	0.0111	0.1866	3.1195	-0.2736	2.0879	0.003	-0.5119	-0.0456	0.5774	0.039	0.2382	-0.1323	0.1168	-0.0348	0.2995	-0.0841	0.0246	0.597	0.0018	0.3021	1.6519	18.6367	57.6129
3	0.5885	0.373	0.6943	4.4129	-0.6036	2.5196	0.0333	-0.0012	-0.0825	0.5256	0.1387	0.3454	-0.1972	-0.1194	-0.241	0.2608	-0.0659	0.0516	0.4236	-0.0457	0.3225	7.0099	34.8232	46.9593
4	2.0061	-0.4016	-1.0607	2.1014	-0.6533	1.9153	0.0913	0.0069	0.3759	0.0574	0.0104	0.1269	0.0031	0.0421	-0.1112	0.207	-0.0745	0.0197	0.4195	-0.004	0.2806	8.6763	24.9958	42.8863
5	3.3182	0.4577	-0.6428	2.5539	-0.4295	4.4719	-0.137	-0.0539	-0.3563	-0.1703	0.0746	-0.3313	0.6294	0.3603	0.092	0.2541	-0.0159	0.0285	0.3533	-0.0051	0.2779	13.7839	15.7642	41.3695
6	2.0903	0.1734	-0.4522	3.4076	-1.1536	2.7696	-0.3247	-0.0312	-0.3426	-0.4214	0.2463	-0.1884	0.4152	-0.1033	-0.0901	0.2637	-0.062	0.0341	0.327	-0.0339	0.2577	7.1771	19.3898	39.8523
7	1.6376	0.9976	1.339	2.8718	-0.2852	1.5711	-0.0951	-0.1939	-0.2616	-0.46	0.1395	-0.5294	0.0818	0.4699	-0.0508	0.3031	-0.1336	0.0852	0.4674	-0.0857	0.3368	17.1223	29.372	33.0154
8	3.3871	1.1127	-1.2683	4.1344	-1.6012	3.7176	-0.181	0.0047	0.5203	-0.4698	0.2341	-0.1458	-0.0542	0.2421	0.223	0.4199	-0.1285	0.0109	0.4278	-0.0341	0.3475	4.5066	32.8445	28.5864
9	1.4109	1.458	-1.4507	1.6943	-1.7375	1.7565	-0.8995	0.9794	-0.1523	-1.5567	0.906	0.225	1.3434	-0.7242	0.1768	0.7452	-0.2823	0.0468	0.5085	-0.0677	0.4126	3.8938	14.7095	31.5222
10	1.0137	-0.3519	0.3693	3.1671	0.1889	1.7367	-0.0885	0.3703	0.3039	-0.4818	0.1442	0.0504	-0.2418	0.0565	0.1334	0.2939	-0.1542	0.0059	0.3508	-0.0325	0.291	8.7157	34.4907	35.4283

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 102 through 112 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 113 through 131 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 132 through 156 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 157 through 180 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 181 through 225 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 226 through 240 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 241 through 251 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 252 through 267 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 268 through 282 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 283 through 308 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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