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万見
- PDB-6z41: NMR solution structure of the carbohydrate-binding module family ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z41
タイトルNMR solution structure of the carbohydrate-binding module family 73 (CBM73) from Cellvibrio japonicus CjLPMO10A
要素Carbohydrate binding protein, putative, cpb33A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / cbm / chitin
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbohydrate binding protein, putative, cpb33A
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Madland, E. / Aachmann, F.L. / Courtade, G.
資金援助 ノルウェー, デンマーク, 3件
組織認可番号国
Research Council of Norway269408 ノルウェー
Research Council of Norway226244 ノルウェー
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0032242 デンマーク
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural and functional variation of chitin-binding domains of a lytic polysaccharide monooxygenase from Cellvibrio japonicus.
著者: Madland, E. / Forsberg, Z. / Wang, Y. / Lindorff-Larsen, K. / Niebisch, A. / Modregger, J. / Eijsink, V.G.H. / Aachmann, F.L. / Courtade, G.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: NMR structures and functional roles of two related chitin-binding domains of a lytic polysaccharide monooxygenase from Cellvibrio japonicus
著者: Madland, E. / Forsberg, Z. / Wang, Y. / Lindorff-Larsen, K. / Niebisch, A. / Modregger, J. / Eijsink, V.G.H. / Aachmann, F.L. / Courtade, G.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength
改定 1.22021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status
Item: _citation.journal_id_ISSN / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate binding protein, putative, cpb33A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4041
ポリマ－7,4041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5090 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Carbohydrate binding protein, putative, cpb33A


分子量: 7404.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)
遺伝子: cbp33A, CJA_2191 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3PJ79
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
133isotropic12D 1H-15N HSQC
144isotropic13D CBCA(CO)NH
153isotropic13D 1H-15N NOESY
164isotropic12D 1H-13C HSQC
171isotropic12D 1H-15N HSQC
182isotropic12D 1H-13C HSQC
194isotropic13D HNCA
1104isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1114isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.1 mM CBM73, 25 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2Ona_sample90% H2O/10% D2O
solution20.1 mM CBM73, 25 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 100% D2Ona_d2o_sample100% D2O
solution30.1 mM [U-15N] CBM73, 25 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15n_sample90% H2O/10% D2O
solution40.1 mM [U-13C; U-15N] CBM73, 25 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O13c_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 mMCBM73natural abundance1
25 mMsodium phosphatenatural abundance1
10 mMsodium chloridenatural abundance1
0.1 mMCBM73natural abundance2
25 mMsodium phosphatenatural abundance2
10 mMsodium chloridenatural abundance2
0.1 mMCBM73[U-15N]3
25 mMsodium phosphatenatural abundance3
10 mMsodium chloridenatural abundance3
0.1 mMCBM73[U-13C; U-15N]4
25 mMsodium phosphatenatural abundance4
10 mMsodium chloridenatural abundance4
試料状態イオン強度: 55 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
CARA1.5.5Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARA14.6.23Elmar Krieger, Keehyoung Joo, Jinwoo Lee,3 Jooyoung Lee, Srivatsan Raman, James Thompson, Mike Tyka, David Baker, and Kevin Karplus精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
詳細: the structures are based on 656 NOE-derived distance constraints, 66 dihedral angle restraints and 2 disulphide bond restraints
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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