PDB-6z3o: The E74Q mutant of Small Alarmone Hydrolase SAH from Pseudomonas ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z3o

タイトル

The E74Q mutant of Small Alarmone Hydrolase SAH from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

Small Alarmone Hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Guanosine pentaphosphate phosphohydrolase / small alarmone / ppGpp

機能・相同性

: / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / HD domain / metal ion binding / : / Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Jin, Y. / Rizkallah, P. / Bell, H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo Structure of a Small Alarmone Hydrolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Jin, Y. / Rizkallah, P. / Bell, H.

履歴

登録	2020年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z3o.cif.gz	302.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z3o.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z3nSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2aay-d 1nr9-1 1g6s-d 1evz-d 4w7o-d 1vjg-1 3ot5-3 2aa9-d 3fk0-d 2vh4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Small Alarmone Hydrolase

BBB: Small Alarmone Hydrolase

CCC: Small Alarmone Hydrolase

DDD: Small Alarmone Hydrolase

ヘテロ分子

92.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Small Alarmone Hydrolase

ヘテロ分子

CCC: Small Alarmone Hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Small Alarmone Hydrolase

DDD: Small Alarmone Hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.150, 86.050, 122.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.770, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Small Alarmone Hydrolase 分子量: 23107.846 Da / 分子数: 4 / 変異: E74Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA0431 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I686
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 14.6 mg/mL of PaSpo2 E74Q variant protein stock in the buffer of 25 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 10 mM ppGpp and 10 mM MnCl2 is mixed 1:1 ratio with the precipitant consisted of 4.0 M NH4OAc, ...詳細: 14.6 mg/mL of PaSpo2 E74Q variant protein stock in the buffer of 25 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 10 mM ppGpp and 10 mM MnCl2 is mixed 1:1 ratio with the precipitant consisted of 4.0 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0

結晶

マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.88 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 14.6 mg/mL of PaSpo2 E74Q variant protein stock in the buffer of 25 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 10 mM ppGpp and 10 mM MnCl2 is mixed 1:1 ratio with the precipitant consisted of 4.0 M NH4OAc, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→57.28 Å / Num. obs: 89102 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4525 / CC_1/2: 0.422 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Z3N

6z3n

解像度: 1.74→43.062 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 8.306 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	4527	5.081 %
R_work	0.1518	84575	-
all	0.156	-	-
obs	-	89102	99.254 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.702 Å²	0 Å²	-0.033 Å²
2-	-	2.318 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.686 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→43.062 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5638	0	4	526	6168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	5840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	5276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.766	1.645	7949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.507	1.573	12213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.038	5	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.733	21.667	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.121	15	952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.113	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6739
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	4589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.146	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.532	2.8	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.532	2.8	2865
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.318	4.211	3587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.317	4.212	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.388	3.324	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.385	3.323	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.1	4.82	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.099	4.819	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.953	34.43	6812
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.872	34.133	6728
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.984	3	11116

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.785	0.354	305	0.256	6273	X-RAY DIFFRACTION	99.8331
1.785-1.834	0.307	365	0.245	6084	X-RAY DIFFRACTION	99.9225
1.834-1.887	0.31	322	0.223	5907	X-RAY DIFFRACTION	99.8077
1.887-1.945	0.31	343	0.204	5756	X-RAY DIFFRACTION	99.7547
1.945-2.009	0.263	278	0.172	5599	X-RAY DIFFRACTION	99.915
2.009-2.08	0.252	317	0.165	5371	X-RAY DIFFRACTION	99.7545
2.08-2.158	0.245	259	0.157	5266	X-RAY DIFFRACTION	99.5496
2.158-2.246	0.244	262	0.128	5006	X-RAY DIFFRACTION	99.4337
2.246-2.346	0.219	235	0.121	4861	X-RAY DIFFRACTION	99.473
2.346-2.46	0.192	262	0.112	4563	X-RAY DIFFRACTION	99.3412
2.46-2.593	0.226	225	0.124	4315	X-RAY DIFFRACTION	98.9538
2.593-2.751	0.216	211	0.13	4177	X-RAY DIFFRACTION	99.3434
2.751-2.94	0.209	206	0.124	3874	X-RAY DIFFRACTION	98.8612
2.94-3.176	0.244	191	0.15	3612	X-RAY DIFFRACTION	98.7023
3.176-3.479	0.224	183	0.152	3295	X-RAY DIFFRACTION	98.3319
3.479-3.889	0.202	164	0.16	2989	X-RAY DIFFRACTION	97.9497
3.889-4.49	0.169	129	0.125	2637	X-RAY DIFFRACTION	97.463
4.49-5.497	0.205	122	0.152	2246	X-RAY DIFFRACTION	98.1351
5.497-7.766	0.248	86	0.171	1774	X-RAY DIFFRACTION	98.9888

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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