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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z3n | ||||||
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タイトル | Apo Structure of a Hydrolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 | ||||||
![]() | Hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Guanosine pentaphosphate phosphohydrolase / small alarmone / ppGpp | ||||||
機能・相同性 | guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / ACETATE ION / NICKEL (II) ION / Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jin, Y. / Rizkallah, P. / Bell, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Apo Structure of a Small Alarmone Hydrolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 著者: Jin, Y. / Rizkallah, P. / Bell, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 301 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 354.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 360.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23296.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA0431 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NI / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 12 mg/mL of PaSpo2 protein stock in the buffer of 25 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, and 10 mM MgCl2 is mixed 1:1 ratio with the precipitant consisted of 4.0 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→59.9 Å / Num. obs: 95945 / % possible obs: 81.3 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / Num. unique obs: 1474 / CC1/2: 0.573 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→59.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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