PDB-6z3n: Apo Structure of a Hydrolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z3n

タイトル

Apo Structure of a Hydrolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

Hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Guanosine pentaphosphate phosphohydrolase / small alarmone / ppGpp

機能・相同性

: / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / HD domain / metal ion binding / ACETATE ION / NICKEL (II) ION / Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Jin, Y. / Rizkallah, P. / Bell, H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo Structure of a Small Alarmone Hydrolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Jin, Y. / Rizkallah, P. / Bell, H.

履歴

登録	2020年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z3n.cif.gz	305.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z3n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z3n_validation.pdf.gz	481.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z3n_full_validation.pdf.gz	486.4 KB	表示
XML形式データ	6z3n_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	6z3n_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6z3oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z3o-2 6z3o-1 7kqp-d 4w7o-d 5ewo-1 1g6t-d 2aa9-d 7c15-2 3fk1-d 1g6s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Hydrolase

BBB: Hydrolase

CCC: Hydrolase

DDD: Hydrolase

ヘテロ分子

93.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

CCC: Hydrolase

ヘテロ分子

AAA: Hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Hydrolase

DDD: Hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.310, 85.900, 122.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.340, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-422- HOH

#1: タンパク質	Hydrolase 分子量: 23296.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA0431 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I686
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 12 mg/mL of PaSpo2 protein stock in the buffer of 25 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, and 10 mM MgCl2 is mixed 1:1 ratio with the precipitant consisted of 4.0 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→59.9 Å / Num. obs: 95945 / % possible obs: 81.3 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / Num. unique obs: 1474 / CC_1/2: 0.573

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.58→59.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 5.847 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2004	4868	5.074 %
R_work	0.1374	91077	-
all	0.141	-	-
obs	-	95945	81.169 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	-0 Å²	-1.978 Å²
2-	-	2.023 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.764 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→59.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5632	0	18	566	6216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	5777
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.676	1.646	7850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.513	1.573	12106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.392	5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.559	21.709	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.962	15	926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.675	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	4702
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	2831
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.961	3.194	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.961	3.193	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.858	4.792	3536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.857	4.792	3537
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.615	3.892	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.615	3.892	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.995	5.598	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.996	5.598	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.442	39.53	6813
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.348	39.116	6711
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.864	3	11011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.621	0.378	104	0.378	2240	X-RAY DIFFRACTION	26.8499
1.621-1.666	0.341	166	0.351	3005	X-RAY DIFFRACTION	37.3939
1.666-1.714	0.313	227	0.32	3812	X-RAY DIFFRACTION	49.0468
1.714-1.767	0.333	205	0.315	4740	X-RAY DIFFRACTION	61.5816
1.767-1.824	0.3	316	0.298	5454	X-RAY DIFFRACTION	73.9744
1.824-1.888	0.256	348	0.198	6207	X-RAY DIFFRACTION	87.0056
1.888-1.96	0.221	367	0.144	6698	X-RAY DIFFRACTION	97.5829
1.96-2.04	0.205	357	0.119	6623	X-RAY DIFFRACTION	99.9141
2.04-2.13	0.184	335	0.112	6352	X-RAY DIFFRACTION	99.9552
2.13-2.234	0.177	338	0.099	6097	X-RAY DIFFRACTION	99.8448
2.234-2.355	0.204	306	0.105	5766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.355-2.498	0.179	307	0.104	5470	X-RAY DIFFRACTION	99.9654
2.498-2.67	0.171	284	0.102	5161	X-RAY DIFFRACTION	99.9633
2.67-2.884	0.196	244	0.117	4821	X-RAY DIFFRACTION	99.9211
2.884-3.159	0.198	223	0.131	4432	X-RAY DIFFRACTION	99.9356
3.159-3.532	0.211	223	0.143	3992	X-RAY DIFFRACTION	99.8342
3.532-4.078	0.164	181	0.119	3555	X-RAY DIFFRACTION	99.8397
4.078-4.993	0.163	138	0.118	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.842
4.993-7.055	0.254	128	0.184	2325	X-RAY DIFFRACTION	99.756

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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