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万見
- PDB-6z3i: Structure of recombinant beta-glucocerebrosidase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z3i
タイトルStructure of recombinant beta-glucocerebrosidase in complex with bifunctional cyclophellitol aziridine activity based probe
要素Lysosomal acid glucosylceramidase
キーワードHYDROLASE / lysosomal hydrolase / activity based probe
機能・相同性
機能・相同性情報


steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / lymphocyte migration ...steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / lymphocyte migration / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / response to thyroid hormone / glucosylceramidase activity / sphingosine biosynthetic process / autophagosome organization / microglial cell proliferation / lysosomal protein catabolic process / glucosyltransferase activity / regulation of TOR signaling / Glycosphingolipid catabolism / lipid storage / microglia differentiation / ceramide biosynthetic process / positive regulation of type 2 mitophagy / : / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / pyramidal neuron differentiation / negative regulation of protein metabolic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / lysosome organization / neuromuscular process / response to dexamethasone / hematopoietic stem cell proliferation / response to testosterone / antigen processing and presentation / motor behavior / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / cell maturation / cholesterol metabolic process / mitophagy / negative regulation of MAPK cascade / lysosomal lumen / cellular response to starvation / respiratory electron transport chain / determination of adult lifespan / trans-Golgi network / autophagy / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / T cell differentiation in thymus / neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / signaling receptor binding / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q68 / Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rowland, R.J. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011151/1 英国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Design, Synthesis and Structural Analysis of Glucocerebrosidase Imaging Agents.
著者: Rowland, R.J. / Chen, Y. / Breen, I. / Wu, L. / Offen, W.A. / Beenakker, T.J. / Su, Q. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Aerts, J.M.F.G. / Artola, M. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2020年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.pdbx_center_of_mass_x / _struct.pdbx_center_of_mass_y / _struct.pdbx_center_of_mass_z
改定 1.22021年12月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: Lysosomal acid glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,61125
ポリマ－55,6591
非ポリマー2,95224
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.139, 76.670, 67.988
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.053, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 BBB

#1: タンパク質 Lysosomal acid glucosylceramidase / Lysosomal acid GCase / Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / ...Lysosomal acid GCase / Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / Cholesterol glucosyltransferase / SGTase / Cholesteryl-beta-glucosidase / D-glucosyl-N-acylsphingosine glucohydrolase / Imiglucerase


分子量: 55659.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Recombinant human beta-glucocerebrosidase lacking its 40 amino acid signalling sequence produced in insect cells
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA, GC, GLUC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, EC: 3.2.1.104

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 359分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-Q68 / ~{N}-[[1-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-(hexylamino)-2,3,4-tris(oxidanyl)cyclohexyl]methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]ethanamide


分子量: 383.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C18H33N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Na2SO4, 0.25 M HEPES pH 7, PEG3350 14%, 1:1000 seed

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979507 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979507 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→76.67 Å / Num. obs: 49541 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.351 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2966 / CC1/2: 0.506 / Rpim(I) all: 1.301 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TJK

6tjk


解像度: 1.8→66.578 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.171 / WRfactor Rwork: 0.163 / SU B: 3.598 / SU ML: 0.098 / Average fsc free: 0.8785 / Average fsc work: 0.8756 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1894 2509 5.067 %
Rwork0.1782 47010 -
all0.179 --
obs-49519 99.962 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.448 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.832 Å20 Å21.153 Å2
2--0.507 Å20 Å2
3----2.595 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→66.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3922 0 189 338 4449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0134279
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0173871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.6845813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.251.68979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4875512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.29121.893206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.02515.016636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9411523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1780.23745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.21978
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.21780
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0970.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2190.224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2340.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1510.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0722.532016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0692.5292014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6343.7912527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6343.7922528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5232.8422263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5232.8432264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3554.1683286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3554.1693287
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.83230.7614765
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.66630.4344693
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8470.3231800.3413474X-RAY DIFFRACTION99.9726
1.847-1.8970.2961730.3083417X-RAY DIFFRACTION100
1.897-1.9520.3081680.2843240X-RAY DIFFRACTION100
1.952-2.0120.2621560.2593211X-RAY DIFFRACTION100
2.012-2.0780.2451670.2263081X-RAY DIFFRACTION100
2.078-2.1510.2241590.2152989X-RAY DIFFRACTION100
2.151-2.2320.2161480.1962884X-RAY DIFFRACTION100
2.232-2.3230.1741530.1772814X-RAY DIFFRACTION100
2.323-2.4270.2021510.1742655X-RAY DIFFRACTION100
2.427-2.5450.1691500.1632525X-RAY DIFFRACTION100
2.545-2.6820.1891260.1562411X-RAY DIFFRACTION100
2.682-2.8450.1551300.1552309X-RAY DIFFRACTION100
2.845-3.0410.1981160.1462139X-RAY DIFFRACTION100
3.041-3.2840.1641050.1482027X-RAY DIFFRACTION100
3.284-3.5970.181050.1541844X-RAY DIFFRACTION100
3.597-4.020.167760.1441707X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.640.146820.1291475X-RAY DIFFRACTION100
4.64-5.6780.119710.1341267X-RAY DIFFRACTION100
5.678-8.0080.163590.174974X-RAY DIFFRACTION99.9033
8.008-66.5780.156340.176567X-RAY DIFFRACTION99.8339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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