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- PDB-6z1n: Structure of the human heterotetrameric cis-prenyltransferase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z1n
タイトルStructure of the human heterotetrameric cis-prenyltransferase complex
要素(Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / dolichol / cis-prenyltransferase / NgBR / DHDDS / Nogo-B receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein mannosylation / Defective DHDDS causes RP59 / dolichol biosynthetic process / dehydrodolichyl diphosphate synthase complex / Synthesis of Dolichyl-phosphate / dolichyl diphosphate biosynthetic process / regulation of intracellular cholesterol transport / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process ...protein mannosylation / Defective DHDDS causes RP59 / dolichol biosynthetic process / dehydrodolichyl diphosphate synthase complex / Synthesis of Dolichyl-phosphate / dolichyl diphosphate biosynthetic process / regulation of intracellular cholesterol transport / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / vascular endothelial growth factor signaling pathway / protein glycosylation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cholesterol homeostasis / angiogenesis / cell differentiation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit Nus1 / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FARNESYL DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS / Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lisnyansky Bar-El, M. / Haitin, Y. / Giladi, M.
資金援助 イスラエル, 5件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1721/16 イスラエル
Israel Science Foundation1775/12 イスラエル
Other privateICRF-01214 イスラエル
Other privateICRF-19202 イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentI2425418.13-2016 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis of heterotetrameric assembly and disease mutations in the human cis-prenyltransferase complex.
著者: Bar-El, M.L. / Vankova, P. / Yeheskel, A. / Simhaev, L. / Engel, H. / Man, P. / Haitin, Y. / Giladi, M.
履歴
登録2020年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS
B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9155
ポリマ－63,4142
非ポリマー5023
水2,198122
1
A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS
B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1
ヘテロ分子

A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS
B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,83010
ポリマ－126,8274
非ポリマー1,0036
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_566x-y+2/3,-y+4/3,-z+4/31
Buried area12430 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area45160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.074, 184.074, 112.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-557-

HOH

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要素

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Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS / Cis-isoprenyltransferase / Cis-IPTase / Cis-prenyltransferase subunit hCIT / Epididymis tissue protein Li 189m


分子量: 39201.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHDDS, HDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86SQ9, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]
#2: タンパク質 Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1 / Cis-prenyltransferase subunit NgBR / Nogo-B receptor / NgBR / Nuclear undecaprenyl pyrophosphate ...Cis-prenyltransferase subunit NgBR / Nogo-B receptor / NgBR / Nuclear undecaprenyl pyrophosphate synthase 1 homolog


分子量: 24211.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUS1, C6orf68, NGBR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96E22, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]

-
非ポリマー , 4種, 125分子

#3: 化合物 ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / ファルネシル二りん酸


分子量: 382.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M NaP pH 7.0, 33% w/v PEG 300, 760 mM FPP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.019 Å / Num. obs: 32476 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 16.32
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 5182 / CC1/2: 0.677 / Rrim(I) all: 1.978 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1x09

1x09


解像度: 2.3→45.983 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 1633 5.03 %
Rwork0.1888 --
obs0.1905 32473 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4061 0 30 122 4213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7015693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8723416
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004738
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3004-2.36810.36561370.29192536X-RAY DIFFRACTION100
2.3681-2.44460.31991300.2552561X-RAY DIFFRACTION100
2.4446-2.53190.30451340.23632546X-RAY DIFFRACTION100
2.5319-2.63330.27271370.21822562X-RAY DIFFRACTION100
2.6333-2.75310.2751360.21812540X-RAY DIFFRACTION100
2.7531-2.89830.26771330.22182565X-RAY DIFFRACTION100
2.8983-3.07980.30151390.22372543X-RAY DIFFRACTION100
3.0798-3.31750.26931370.21052587X-RAY DIFFRACTION100
3.3175-3.65130.20911320.19152563X-RAY DIFFRACTION100
3.6513-4.17930.17511370.15692588X-RAY DIFFRACTION100
4.1793-5.26430.18151390.1482592X-RAY DIFFRACTION100
5.2643-45.9830.18631420.17982657X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.96942.8026-1.58768.1889-3.22864.91020.13620.2920.7044-0.2626-0.01370.2691-0.16940.2581-0.16380.33580.06360.04810.5237-0.00210.53755.8531119.933836.4353
24.1440.0406-1.81791.01010.40142.99010.23570.25420.5267-0.04360.058-0.1699-0.3773-0.1335-0.29390.36890.01160.03980.320.04850.397625.6529125.677132.1587
31.296-0.07780.64070.7022-0.22012.1865-0.0753-0.08450.14770.13470.0522-0.0563-0.0875-0.00150.01780.35230.0139-0.02850.3935-0.05840.41430.6267113.789748.7707
41.86530.0288-0.10244.8031-5.72598.5414-0.3458-0.09730.15310.26770.3076-0.0445-0.2385-0.69070.16810.6565-0.0555-0.10870.448-0.11290.507439.8387123.809467.5903
58.4666-4.69822.70038.2723-4.21932.242-0.2067-0.0521-0.1816-0.49840.015-0.46551.65760.08840.52920.87230.0315-0.00650.525-0.0520.510643.572979.4930.1059
62.0298-0.6415-0.02372.24540.47383.12150.0049-0.24410.01540.21580.0951-0.11020.17940.0245-0.01280.3550.047-0.07480.3443-0.03220.318236.407291.623345.0442
78.6228-4.2792-0.32365.85093.45894.1747-0.8275-0.8075-0.1840.6380.47370.46991.10571.00020.04420.65550.0952-0.09820.58120.11690.415842.236181.990450.3242
81.6067-1.64980.08373.0318-0.47630.1063-0.0161-0.04160.37930.0259-0.1061-0.44110.03430.20250.09630.47820.055-0.06090.6181-0.03040.463347.2904102.486951.8942
91.51870.60990.52383.66830.78062.0041-0.04650.01710.01920.04480.1728-0.5044-0.03370.2904-0.1610.3360.0108-0.04780.4693-0.06230.434339.8026105.271843.5437
101.15521.8835-1.16057.1983-2.14441.1771-0.2051-0.03320.2808-0.73960.1620.64470.2896-0.3648-0.00730.51460.0328-0.09590.472-0.07660.387434.599396.04829.1055
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 157 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 158 through 282 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 283 through 326 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 79 through 93 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 94 through 144 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 145 through 176 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 177 through 212 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 213 through 273 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 274 through 293 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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