+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z1k | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A de novo Enzyme for the Morita-Baylis-Hillman Reaction BH32.6 | |||||||||
![]() | BH32.6 protein | |||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Morita-Baylis-Hillman Reaction / engineered / evolved | |||||||||
機能・相同性 | FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Levy, C.W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Engineering an efficient and enantioselective enzyme for the Morita-Baylis-Hillman reaction. 著者: Crawshaw, R. / Crossley, A.E. / Johannissen, L. / Burke, A.J. / Hay, S. / Levy, C. / Baker, D. / Lovelock, S.L. / Green, A.P. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 192 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 128.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 327.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 328.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 27555.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 247分子 ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||
---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.32 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol 0.03 M of each divalent cation 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→55.26 Å / Num. obs: 60772 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05985 / Rpim(I) all: 0.02062 / Rrim(I) all: 0.0634 / Net I/σ(I): 14.64 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 1.411 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 5941 / CC1/2: 0.679 / CC star: 0.899 / Rpim(I) all: 0.477 / % possible all: 99.13 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6Q7O 解像度: 1.48→55.26 Å / SU ML: 0.1471 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.4185 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→55.26 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|