ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.19.1_4122精密化 | xia2 | | データ削減 | xia2 | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Inhouse 解像度: 1.8→45.12 Å / SU ML: 0.2514 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.623 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2546 | 1067 | 5.13 % |
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Rwork | 0.2039 | 19736 | - |
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obs | 0.2064 | 20803 | 99 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.94 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.12 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1821 | 0 | 0 | 148 | 1969 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.0039 | 1866 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.5383 | 2513 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.0429 | 275 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.0044 | 321 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.1248 | 714 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.8-1.88 | 0.3562 | 141 | 0.2989 | 2417 | X-RAY DIFFRACTION | 98.8 | 1.88-1.98 | 0.3063 | 130 | 0.25 | 2475 | X-RAY DIFFRACTION | 99.43 | 1.98-2.11 | 0.2751 | 123 | 0.2442 | 2469 | X-RAY DIFFRACTION | 99.39 | 2.11-2.27 | 0.2579 | 137 | 0.2173 | 2465 | X-RAY DIFFRACTION | 99.35 | 2.27-2.5 | 0.286 | 139 | 0.2127 | 2473 | X-RAY DIFFRACTION | 99.54 | 2.5-2.86 | 0.2923 | 133 | 0.2313 | 2484 | X-RAY DIFFRACTION | 99.13 | 2.86-3.6 | 0.2637 | 140 | 0.2055 | 2471 | X-RAY DIFFRACTION | 99.01 | 3.6-45.12 | 0.2114 | 124 | 0.1747 | 2482 | X-RAY DIFFRACTION | 97.42 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -14.1967858522 Å / Origin y: -12.2305804039 Å / Origin z: -11.2380455318 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.249617664716 Å2 | 0.0326763955229 Å2 | 0.00642837538409 Å2 | - | 0.214198186994 Å2 | 0.0417435754836 Å2 | - | - | 0.250852591618 Å2 |
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L | 1.25764676775 °2 | 0.819662380233 °2 | 0.379905633988 °2 | - | 1.3828019914 °2 | 0.607651899124 °2 | - | - | 1.34735829696 °2 |
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S | 0.0234733161521 Å ° | -0.100732921659 Å ° | -0.061186384868 Å ° | 0.145432091702 Å ° | -0.0988063925536 Å ° | -0.0113972876784 Å ° | 0.152948188964 Å ° | 0.0404584375046 Å ° | 0.000283595521279 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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