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- PDB-6z0p: BceF Tyrosine Kinase Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z0p
タイトルBceF Tyrosine Kinase Domain
要素BceF
キーワードTRANSFERASE / bacterial tyrosine kinase / bcef / biofilm / Burkholderia cepacia / exopolysaccharide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein tyrosine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine kinase, G-rich domain / G-rich domain on putative tyrosine kinase / Exopolysaccharide synthesis protein / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Tyrosine kinase, G-rich domain / G-rich domain on putative tyrosine kinase / Exopolysaccharide synthesis protein / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BceF
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
Model detailsBceF
データ登録者Landau, M. / Mayer, M. / Abd Alhadi, M. / Dvir, H.
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Insights into the Biofilm-Associated BceF Tyrosine Kinase Domain from Burkholderia cepacia .
著者: Mayer, M. / Matiuhin, Y. / Nawatha, M. / Tabachnikov, O. / Fish, I. / Schutz, N. / Dvir, H. / Landau, M.
履歴
登録2020年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BceF
B: BceF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7844
ポリマ－58,9302
非ポリマー8542
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Size exclusion chromatography- multi angle light scattering (SEC-MALS)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.270, 90.480, 61.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BceF


分子量: 29464.916 Da / 分子数: 2 / 断片: BceF kinase domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
遺伝子: bceF / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0GYW2
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% polyethylene glycol 3350, 3% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.596
11H, -K, -H-L20.404
反射解像度: 1.85→48.36 Å / Num. obs: 38309 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.715 % / Biso Wilson estimate: 30.76 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 9.55 / Num. measured all: 142307
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-2.23.7620.4732.735822815548154780.8060.55199.5
2.2-2.83.7270.1727.54374011799117370.9650.20199.5
2.8-3.63.7040.06916.2421603587658330.9930.08199.3
3.6-4.63.5770.03925.489719274227170.9970.04699.1
4.6-5.83.4460.03626.94346127512610.9980.04398.9
5.8-7.23.5990.03826.2521816136060.9970.04498.9
7.2-8.83.8160.0331.3311603063040.9990.03599.3
8.8-103.9030.0334.194411171130.9990.03496.6
10-303.4780.02532.698732532510.9990.0399.2
30-48.361.7780.0223.85161090.9970.02690

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO / Packing: 0
最高解像度最低解像度
Rotation1.85 Å19.88 Å
Translation1.85 Å19.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CIO

3cio


解像度: 1.85→48.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.224 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.0307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2017 1895 4.9 %RANDOM
Rwork0.1825 ---
obs0.1835 36413 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.73 Å2 / Biso mean: 23.6 Å2 / Biso min: 12.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.99 Å20 Å2-2.82 Å2
2--9.48 Å20 Å2
3----7.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→48.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3675 0 54 51 3780
Biso mean--20.62 24.83 -
残基数----484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0133788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0173701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.6495138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4091.5748561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0145480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.87720.053187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.99815660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7851540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02763
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.897 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 147 -
Rwork0.256 2609 -
obs--96.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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