[日本語] English
万見
- PDB-6z0l: Het-N2 - De novo designed three-helix heterodimer with Cysteine a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z0l
タイトルHet-N2 - De novo designed three-helix heterodimer with Cysteine at the N2 position of the alpha-helix
要素
  • Cys-N2 Strand
  • Positive Strand
キーワードDE NOVO PROTEIN / Acyl Transfer Activity / Domain Swapped Dimer / Oxyanion-Binding Site
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者McEwen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Naudin, E.A. / DeGrado, W.F. / Torbeev, V.
資金援助European Union, フランス, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)715062-HiChemSynProEuropean Union
French National Research AgencyANR-10-LABX-0026_CSC フランス
French National Research AgencyANR-10-INBS-05 フランス
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Acyl Transfer Catalytic Activity in De Novo Designed Protein with N-Terminus of alpha-Helix As Oxyanion-Binding Site.
著者: Naudin, E.A. / McEwen, A.G. / Tan, S.K. / Poussin-Courmontagne, P. / Schmitt, J.L. / Birck, C. / DeGrado, W.F. / Torbeev, V.
履歴
登録2020年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Positive Strand
B: Cys-N2 Strand
C: Positive Strand
D: Cys-N2 Strand
E: Positive Strand
F: Cys-N2 Strand
G: Positive Strand
H: Cys-N2 Strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,73514
ポリマ－43,1508
非ポリマー5856
水1,53185
1
A: Positive Strand
B: Cys-N2 Strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0124
ポリマ－10,7872
非ポリマー2252
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area5910 Å2
手法PISA
2
C: Positive Strand
D: Cys-N2 Strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0355
ポリマ－10,7872
非ポリマー2483
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area5960 Å2
手法PISA
3
E: Positive Strand
F: Cys-N2 Strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9003
ポリマ－10,7872
非ポリマー1121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
4
G: Positive Strand
H: Cys-N2 Strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7872
ポリマ－10,7872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area6220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.669, 49.952, 53.043
Angle α, β, γ (deg.)105.090, 92.490, 110.150
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Positive Strand


分子量: 5462.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド
Cys-N2 Strand


分子量: 5325.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 400, 0.1 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→37.77 Å / Num. obs: 14582 / % possible obs: 73.8 % / 冗長度: 3.283 % / Biso Wilson estimate: 53.737 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.257 / Rrim(I) all: 0.307 / Χ2: 1.19 / Net I/σ(I): 2.97 / Num. measured all: 47878
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.462.9882.5880.3421330.2223.11471.6
2.46-2.663.2851.7740.5726090.4362.1292.4
2.66-2.913.2661.2530.8723350.6011.49890.5
2.91-3.253.2380.6561.7219930.8650.78586.1
3.25-3.753.2760.2663.9817380.9580.31884.3
3.75-4.593.4040.1716.4116870.9720.20498.1
4.59-6.463.5920.1576.7613270.9770.18598.5
6.46-37.773.5460.08112.077430.9930.09598

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.1_rc3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G6U

1g6u


解像度: 2.33→37.77 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 486 5.56 %
Rwork0.2228 8248 -
obs0.2263 8734 54.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.1 Å2 / Biso mean: 34.1864 Å2 / Biso min: 2.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3030 0 5 85 3120
Biso mean--36.8 23.05 -
残基数----401
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.33-2.670.3491430.261587992217
2.67-3.360.31611510.24412727287854
3.37-37.770.26692920.21034642493493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0019-0.0034-0.00080.0078-0.00550.03190.0266-0.0367-0.00780.08560.02950.001-0.0074-0.00030.04090.2076-0.084-0.01130.06480.10680.214-29.0266.0367-12.31
20.0017-0.0095-0.00070.0029-0.00920.0009-0.0083-0.0082-0.0217-0.0022-0.02020.02230.0015-0.0398-0.02230.0532-0.0848-0.08110.1184-0.02510.2083-42.092610.1966-15.4167
30.07540.0061-0.0180.00380.00320.01150.0162-0.075-0.04260.03930.00370.03360.0107-0.01440.05030.08530.09480.19760.02880.0429-0.0425-53.85174.4031-45.5549
40.0181-0.0247-0.01820.030.00460.0875-0.0299-0.00680.01830.0603-0.0103-0.01030.03410.012-0.08850.1532-0.0447-0.05090.0832-0.00870.0897-46.6314-2.0596-34.8187
50.0687-0.01620.08930.0097-0.02820.122-0.0562-0.00310.0057-0.0317-0.08380.0478-0.01620.0295-0.05950.14980.07990.05460.07320.01220.1034-39.6366-9.6594-54.9502
60.0075-0.0098-0.01170.00840.00710.001-0.03960.0236-0.00310.0108-0.007-0.00720.01090.0411-0.0440.0148-0.01210.13260.03020.1740.1531-32.46391.8859-51.4748
70.02110.00070.01620.00820.01410.04040.01910.01910.01580.01810.01030.0201-0.03340.04160.00760.30710.07030.01570.0034-0.02190.025-26.755725.8446-21.5058
80.0304-0.01790.01960.0465-0.01560.0162-0.0417-0.05290.01020.0351-0.01320.0286-0.0284-0.0254-0.14410.07120.11130.07210.00940.15180.0467-28.667316.5654-32.5534
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 48)A0 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 0 through 48)B0 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 0 through 48)C0 - 48
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 0 through 48)D0 - 48
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 0 through 48)E0 - 48
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 0 through 48)F0 - 48
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 0 through 48)G0 - 48
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 0 through 48)H0 - 48

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る