PDB-6z07: PqsR (MvfR) in complex with antagonist 12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z07

タイトル

PqsR (MvfR) in complex with antagonist 12

要素

Transcriptional regulator MvfR

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Pseudomonas aeruginosa / Antagonist / Quorum sensing

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Richardson, W.K. / Emsley, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Novel quinazolinone inhibitors of the Pseudomonas aeruginosa quorum sensing transcriptional regulator PqsR.
著者: Grossman, S. / Soukarieh, F. / Richardson, W. / Liu, R. / Mashabi, A. / Emsley, J. / Williams, P. / Camara, M. / Stocks, M.J.

履歴

登録	2020年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z07.cif.gz	95.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z07.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z07_validation.pdf.gz	764.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z07_full_validation.pdf.gz	768.7 KB	表示
XML形式データ	6z07_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	6z07_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/6z07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yz3C 6z17C 6z5kC 4jvcS 6q7wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jvd-1 6z5k-1 6yz3-1 4jvi-1 6q7u-1 6q7w-1 6tpr-1 6q7v-d 6b8a-d 1pc6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Transcriptional regulator MvfR

ヘテロ分子

27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Transcriptional regulator MvfR

ヘテロ分子

AAA: Transcriptional regulator MvfR

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.790, 120.790, 114.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Transcriptional regulator MvfR 分子量: 26749.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: mvfR, PA14_51340 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z7A6
#2: 化合物	ChemComp-Q4E / 3-[(2-~{tert}-butyl-1,3-thiazol-4-yl)methyl]-6-chloranyl-quinazolin-4-one 分子量: 333.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₆ClN₃OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM Sodium citrate, 200 mM Ammonium acetate and 6% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→60.47 Å / Num. obs: 10879 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.95→3.13 Å / R_merge(I) obs: 1.079 / Num. unique obs: 1704 / CC_1/2: 0.917

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JVC, 6Q7W

4jvc

6q7w

解像度: 2.95→60.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 15.511 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.392 / ESU R Free: 0.306 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2565	528	4.863 %
R_work	0.1995	-	-
all	0.202	-	-
obs	-	10857	99.899 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 120.825 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.006 Å²	2.003 Å²	0 Å²
2-	-	4.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.994 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→60.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1598	0	28	5	1631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.671	1.635	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.262	1.568	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.503	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.883	21.304	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.727	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.669	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	865
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.169	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.431	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.415	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	13.174	12.68	811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	13.163	12.677	809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	17.916	19.02	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	17.913	19.02	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	13.413	13.454	846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	13.407	13.457	847
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	19.096	19.832	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	19.088	19.836	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	24.169	240.557	6650
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	24.168	240.555	6650

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.027	0.425	40	0.387	740	X-RAY DIFFRACTION	99.872
3.027-3.109	0.29	28	0.406	728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.109-3.199	0.376	32	0.32	715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.199-3.298	0.485	29	0.304	683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.298-3.406	0.335	45	0.25	664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.406-3.525	0.312	39	0.223	634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.525-3.658	0.199	33	0.204	624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.658-3.808	0.222	32	0.194	605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.808-3.977	0.309	29	0.214	578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.977-4.17	0.297	30	0.205	560	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.396	0.152	26	0.155	535	X-RAY DIFFRACTION	100
4.396-4.662	0.155	18	0.114	511	X-RAY DIFFRACTION	100
4.662-4.983	0.175	24	0.116	486	X-RAY DIFFRACTION	100
4.983-5.382	0.188	22	0.155	444	X-RAY DIFFRACTION	100
5.382-5.894	0.314	25	0.222	405	X-RAY DIFFRACTION	100
5.894-6.587	0.311	22	0.24	387	X-RAY DIFFRACTION	100
6.587-7.602	0.305	13	0.203	351	X-RAY DIFFRACTION	100
7.602-9.301	0.241	18	0.18	293	X-RAY DIFFRACTION	99.6795
9.301-13.11	0.09	9	0.174	244	X-RAY DIFFRACTION	100
13.11-60.47	0.387	14	0.296	142	X-RAY DIFFRACTION	96.2963

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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