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- PDB-6yym: Structure of S. pombe Mei2 RRM3 domain bound to RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yym
タイトルStructure of S. pombe Mei2 RRM3 domain bound to RNA
要素
  • Meiosis protein mei2
  • RNA (5'-R(*GP*CP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*CP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Meiosis RRM domain gene expression RNA-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Tor2-Mei2-Ste11 complex / : / negative regulation of conjugation with zygote / positive regulation of metaphase/anaphase transition of meiosis II / Mei2 nuclear dot complex / Nrd1 complex / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of meiotic cell cycle / poly(U) RNA binding / lncRNA binding ...Tor2-Mei2-Ste11 complex / : / negative regulation of conjugation with zygote / positive regulation of metaphase/anaphase transition of meiosis II / Mei2 nuclear dot complex / Nrd1 complex / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of meiotic cell cycle / poly(U) RNA binding / lncRNA binding / nuclear chromosome / protein sequestering activity / meiotic cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mei2-like, C-terminal RNA recognition motif / Fungal Mei2-like, RNA recognition motif 3 / Fungal Mei2-like, RNA recognition motif 2 / RNA recognition motif 2 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Meiosis protein mei2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Hazra, D. / Graille, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-16-CE11-0003 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A scaffold lncRNA shapes the mitosis to meiosis switch.
著者: Andric, V. / Nevers, A. / Hazra, D. / Auxilien, S. / Menant, A. / Graille, M. / Palancade, B. / Rougemaille, M.
履歴
登録2020年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meiosis protein mei2
B: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3472
ポリマ－24,3472
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.270, 81.480, 81.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-103-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Meiosis protein mei2


分子量: 20602.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
遺伝子: mei2, SPAC27D7.03c
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P08965
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*CP*G)-3')


分子量: 3744.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Na/K phosphate pH6.5, 25% w/v PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 7585 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.63→2.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 1118 / CC1/2: 0.585 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YYL

6yyl


解像度: 2.63→40.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / Rfactor Rfree error: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.601 / SU Rfree Blow DPI: 0.348
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 380 5.01 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.227 7585 98.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 129.17 Å2 / Biso mean: 62.35 Å2 / Biso min: 35.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0022 Å20 Å20 Å2
2---4.2323 Å20 Å2
3---4.2301 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.63→40.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1199 246 0 30 1475
Biso mean---52.34 -
残基数----160
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d569SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes36HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes413HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2784HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion211SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3084SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2784HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5003HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.26
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 102 4.99 %
Rwork0.239 1942 -
all0.243 2044 -
obs--96.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83980.1651-0.12611.8766-0.21972.76060.1042-0.34890.08620.0816-0.1259-0.2666-0.02880.25450.02170.03580.0020.0031-0.1638-0.0083-0.107217.67781.533517.6027
22.2543-1.22860.22174.4855-1.06061.96910.0601-0.4168-0.4610.2988-0.089-0.23690.2439-0.24470.02890.0974-0.0077-0.0277-0.16210.1175-0.05738.7511-11.151121.9055
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A580 - 727
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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